but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Milan Češka, Ph.D. (člen) Ing. Lukáš Kekely, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm výborně Otázky u obhajoby: V práci nejsou uvedeny žádné existující nástroje pro danou úlohu. Existují nějaké? Jak bude ovlivněn výstup vašeho algoritmu, pokud bude vstup obsahovat geny neznámých bakterií? Mohla byste použít i jinou metodu pro prohledávání stavového prostoru, než je prezentovaný algoritmus Metropolis Hastings? Jaké by to případně mělo výhody a nevýhody?	cs
but.jazyk	slovenština (Slovak)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Smatana, Stanislav	sk
dc.contributor.author	Grešová, Katarína	sk
dc.contributor.referee	Hon, Jiří	sk
dc.date.created	2020	cs
dc.description.abstract	Hlavným cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať nástroj, ktorý by bol schopný klasifikovať sekvencie génu 16S rRNA do taxonomických kategórií s využitím vlastností génu 16S rRNA. Vytvorený nástroj analyzuje všetky vstupné sekvencie súčasne, čím sa líši od bežných klasifikačných prístupov, ktoré klasifikujú vstupné sekvencie jednotlivo. Tento nástroj využíva znalosť, že baktérie obsahujú niekoľko kópií génu 16S rRNA, ktoré sa môžu svojou sekvenciou odlišovať. Jedným z hlavných prínosov tejto práce je práve návrh, implementácia a vyhodnotenie schopností tohto nástroja. Experimenty ukázali, že navrhnutý nástroj je pre menšie dátové sady schopný identifikovať odpovedajúce baktérie a určiť správne pomery ich abundancií. Pri väčších dátových sadách sa však prehľadávaný priestor stáva veľmi rozsiahly a členitý, čo vyžaduje ďalšie vylepšenia navrhovaného nástroja, aby bol stavový priestor schopný prehľadávať efektívne.	sk
dc.description.abstract	The main goal of this thesis was to design and implement a tool that would be able to classify the sequences of the 16S rRNA gene into taxonomic categories using the properties of the 16S rRNA gene. The created tool analyzes all input sequences simultaneously, which differs from common classification approaches, which classify input sequences individually. This tool relies on the fact that bacteria contain several copies of the 16S rRNA gene, which may differ in sequence. The main contribution of this work is design, implementation and evaluation of the capabilities of this tool. Experiments have shown that the proposed tool is able to identify the corresponding bacteria for smaller datasets and determine the correct ratios of their abundances. However, with larger datasets, the state space becomes very large and fragmented, which requires further improvements in order for it to search the state space in an efficient way.	en
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	GREŠOVÁ, K. Klasifikace bakterií do taxonomických kategorií na základě vlastností 16s rRNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2020.	cs
dc.identifier.other	129293	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/192475
dc.language.iso	sk	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	metagenomika	sk
dc.subject	16S rRNA	sk
dc.subject	kópie génu 16S rRNA	sk
dc.subject	sekundárna štruktúra RNA	sk
dc.subject	taxonomická klasifikácia	sk
dc.subject	Metropolis-Hastings	sk
dc.subject	metagenomics	en
dc.subject	16S rRNA	en
dc.subject	copies of 16S rRNA gene	en
dc.subject	RNA secondary structure	en
dc.subject	taxonomic classification	en
dc.subject	Metropolis-Hastings	en
dc.title	Klasifikace bakterií do taxonomických kategorií na základě vlastností 16s rRNA	sk
dc.title.alternative	Bacteria Classification into Taxonomic Categories Based on Properties of 16s rRNA	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2020-07-15	cs
dcterms.modified	2020-07-17-14:42:11	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	129293	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:31:21	en
sync.item.modts	2025.01.17 10:41:29	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Klasifikace bakterií do taxonomických kategorií na základě vlastností 16s rRNA

Files

Original bundle

Collections