but.committee	doc. Ing. Zdeněk Kotásek, CSc. (předseda) doc. Dr. Ing. Otto Fučík (místopředseda) doc. Ing. Vladimír Janoušek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Stanislav Racek, CSc. (člen) doc. Ing. Ondřej Ryšavý, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " C ". Otázky u obhajoby: Můžete diskutovat, jakým způsobem by bylo nutné modifikovat hash funkci, aby se výsledky shlukovacího algoritmu Twister Tries ještě více přiblížili výsledkům exaktní metody výpočtu?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Martínek, Tomáš	cs
dc.contributor.author	Jaroš, Marta	cs
dc.contributor.referee	Vašíček, Zdeněk	cs
dc.date.created	2016	cs
dc.description.abstract	Práce se zabývá problémem shlukování tunelů z dat získaných molekulární dynamikou proteinů. Tento proces je velmi výpočetně náročný a představuje výzvu pro vědecké komunity. Cílem je najít algoritmus s optimálním poměrem časové a prostorové složitosti. Práce začíná rešerší shlukovacích algoritmů. Rovněž se zabývá způsobem, jak pracovat s velkými datovými sadami, způsobem vizualizace a porovnání výsledků shlukování. Jádro práce představuje návrh řešení tohoto problému s využitím algoritmu Twister Tries . Rozebírá jeho implementační detaily a poskytuje výsledky testování z hlediska kvality výsledků a výpočetní náročnosti. Cílem práce bylo experimentálně ověřit, zda stochastickým algoritmem Twister Tries dosáhneme stejných výsledků jako s exaktním algoritmem ( average-linkage ). Tento předpoklad se nepovedlo jednoznačně potvrdit. Z poznatků při testování hashovacích funkcí vyplývá, že stejných výsledků jsme schopni dosáhnout i s funkcí, která pracuje na nízkém stupni dimenzionality, avšak v mnohem kratším výpočetním čase.	cs
dc.description.abstract	This thesis deals with the clustering of tunnels in data obtained from the protein molecular dynamics simulation. This process is very computationaly intensive and it has been a challenge for scientific communities. The goal is to find such an algorithm with optimal time and space complexity ratio. The research of clustering algorithms, work with huge highdimensional datasets, visualisation and cluster-comparing methods are discussed. The thesis provides a proposal of the solution of this problem using the Twister Tries algorithm. The implementation details are analysed and the testing results of the solution quality and space complexity are provided. The goal of the thesis was to prove that we could achieve the same results with a stochastic algorithm - Twister Tries , as with an exact algorithm ( average-linkage ). This assumption was not confirmed confidently. Another finding of the hashing functions analysis shows that we could obtain the same results of hashing with a low dimensional hashing function but in much better computational time.	en
dc.description.mark	C	cs
dc.identifier.citation	JAROŠ, M. Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2016.	cs
dc.identifier.other	96324	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/61867
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Protein	cs
dc.subject	detekce tunelů	cs
dc.subject	shlukovací algoritmy	cs
dc.subject	OptiGrid	cs
dc.subject	Gilpin	cs
dc.subject	Twister Tries	cs
dc.subject	LSH	cs
dc.subject	Java	cs
dc.subject	CAVER.	cs
dc.subject	Protein	en
dc.subject	tunnel detection	en
dc.subject	clustering algorithms	en
dc.subject	OptiGrid	en
dc.subject	Gilpin	en
dc.subject	Twister Tries	en
dc.subject	LSH	en
dc.subject	Java	en
dc.subject	CAVER.	en
dc.title	Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech	cs
dc.title.alternative	Acceleration of Algorithms for Clustering of Tunnels in Proteins	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2016-06-17	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:24	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	96324	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:22:16	en
sync.item.modts	2025.01.15 19:30:53	en
thesis.discipline	Počítačové a vestavěné systémy	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech

Files

Original bundle

Collections