but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Jan Holub, Ph.D. (člen) Ing. Pavel Jedlička, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jiří Kléma, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Tomáš Vinař, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Studentka přednesla cíle a výsledky, kterých v rámci řešení disertační práce dosáhla. V rozpravě studentka odpověděla na otázky komise a oponentů a hostů. Diskuze je zaznamenána na diskuzních lístcích, které jsou přílohou protokolu (a také na záznamu dotazů hostů, kteří byli přítomni online). Počet položených dotazů: 3. Komise se v závěru jednomyslně usnesla, že studentka splnila podmínky pro udělení akademického titulu doktorka. Komise jednomyslně doporučuje, aby studentce byla udělena cena za výjimečně kvalitní disertační práci.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Výpočetní technika a informatika	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Zendulka, Jaroslav	en
dc.contributor.author	Puterová, Janka	en
dc.contributor.referee	Jedlička, Pavel	en
dc.contributor.referee	Kléma, Jiří	en
dc.date.accessioned	2022-05-31T22:53:40Z
dc.date.available	2022-05-31T22:53:40Z
dc.date.created		cs
dc.description.abstract	Repetitivní sekvence mohou tvořit významnou část genomu, v některých případech více než 80%, která však bývala vědci často přehlížena. Dnes je známo, že repetice mají v genomu různé funkce a rozdělují se na dvě hlavní skupiny: rozptýlené a tandemové repetice. Cílem této práce bylo vytvoření bioinformatických nástrojů pro detekci repetic, ať už přímo ze sekvenačních dat generovaných sekvenátory, nebo ze sestavených genomů. V úvodní části práce poskytuje náhled do problematiky a přehled typů repetic vyskytujících se v genomech. Dále se práce zabývá stávajícími přístupy a nástroji zaměřenými na identifikaci repetic přímo ze sestavených sekvencí. Hlavním přínosem do této oblasti bylo vytvoření nástroje digIS, který se zaměřuje na detekci inserčních sekvencí, které přestavují nejhojněji se vyskytující rozptýlené repetice u prokaryot. digIS je založen na principu profilových skrytých Markovových modelů zkonstruovaných pro katalytické domény transpozáz, které představují nejkonzervativnější část inserčních sekvencí a zachovávají si sekundární strukturu v rámci rodiny. Následně práce poskytuje přehled sekvenačních technologií a rozebírá stávající metody pro detekci repetic přímo ze sekvenačních dat, bez nutnosti procházejícího sestavení genomu. Je představen nový přístup pro detailní analýzu tandemových repetic. Tento přístup rozšiřuje základní analýzu nástroje RepeatExplorer, který detekuje a charakterizuje repetice přímo ze sekvenačních dat. Práce dále diskutuje aplikace detekce repetic v biologickém výzkumu zejména z pohledu srovnávacích studií repeatomu a evoluce pohlavních chromozomů. V závěrečné části práce poskytuje souhrn dosažených výsledků výzkumu v podobě čtyř článků publikovaných v mezinárodních časopisech, jejichž plné znění je dostupné v přílohách, a celkové shrnutí práce a možnosti budoucího výzkumu.	en
dc.description.abstract	Repetitive sequences can make up a significant part of the genome, in some cases more than 80%, but scientists have often overlooked them. Today we know that repeats have various functions in the genomes and are divided into two main groups: interspersed and tandem repeats. This work aimed to develop bioinformatics tools to detect repetitive sequences, either directly from sequencing data generated by sequencers or assembled genomes. In the introductory part, the work provides an insight into the issue and an overview of the repeat types occurring in genomes. Furthermore, the work deals with existing approaches and tools with an aim to detect repeats directly from the assembled sequences. The main contribution to this area was developing the digIS tool, which aims to detect insertion sequences that represent the most abundant interspersed repeats in prokaryotes. digIS is based on the principle of profile hidden Markov models constructed for the catalytic domains of transposases, representing the most conserved part of the insertion sequences and retaining a secondary structure within the family. Subsequently, the work provides an overview of sequencing technologies and discusses existing methods for detecting repeats directly from sequencing data without the need for prior genome assembly. A novel approach for a detailed analysis of tandem repeats is presented. This approach extends the primary analysis of RepeatExplorer, which detects and characterizes repeats directly from sequencing data. The work further discusses the applications of repeat detection in biological research, especially from the point of view of comparative repeatome studies and the evolution of sex chromosomes. Finally, the work summarizes the research results in the form of four articles published in international journals, the full text of which is available in the appendices, and provides a general summary of the work together with possibilities for future research.	cs
dc.description.mark	P	cs
dc.identifier.citation	PUTEROVÁ, J. Detekce repetitivních sekvencí v genomech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .	cs
dc.identifier.other	141658	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/204609
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	transpozony	en
dc.subject	transpozibilné elementy	en
dc.subject	tandemové repetice	en
dc.subject	satelitní DNA	en
dc.subject	repetitivní elementy	en
dc.subject	repeatom	en
dc.subject	detekce repetic	en
dc.subject	profilové skryté Markovovy modely	en
dc.subject	komparativní analýza	en
dc.subject	pohlavní chromozomy	en
dc.subject	evoluce genomu	en
dc.subject	transposons	cs
dc.subject	transposable elements	cs
dc.subject	tandem repeats	cs
dc.subject	satellite DNA	cs
dc.subject	repetitive elements	cs
dc.subject	repeatome	cs
dc.subject	repeat detection	cs
dc.subject	profile hidden Markov models	cs
dc.subject	comparative analysis	cs
dc.subject	sex chromosomes	cs
dc.subject	genome evolution	cs
dc.title	Detekce repetitivních sekvencí v genomech	en
dc.title.alternative	Detection of repetitive sequences in genomes	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	doctoralThesis	en
dc.type.evskp	dizertační práce	cs
dcterms.modified	2022-01-25-13:11:47	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	141658	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2022.06.01 00:53:40	en
sync.item.modts	2022.06.01 00:13:04	en
thesis.discipline	Výpočetní technika a informatika	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Doktorský	cs
thesis.name	Ph.D.	cs

Detekce repetitivních sekvencí v genomech

Files

Original bundle

Collections