Příprava DNA s lokálními strukturami
Loading...
Date
Authors
Lofítková, Ellen
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
ORCID
Abstract
V práci jsem se soustředila na kvadruplexy a křížové struktury DNA. Byly zkoumány plazmidy pBluescript a od něj odvozené vložením oligonukleotidové sekvence. In silico analýzou v QGRS Mapper a Palindrome analyser byly vyhledány sekvence tvořící kvadruplexy a křížové struktury. Plazmidy byly transformovány do E. coli, izolovány a poté podrobeny štěpení enzymy S1 nukleázou a restrikční endonukleázou ScaI. Rozštěpení S1 nukleázou vypovídalo o přítomnosti lokální struktury. Kombinované štěpení S1/ScaI nepřineslo přesvědčivé výsledky kvůli ztrátě DNA při přečištění.
In this thesis I focused on quadruplexes and cruciforms formed by DNA. Plasmids pBluescript and others derived from it by inserting oligonucleotid sequences were studied. Sequences forming quadruplexes and cruciforms were found by in silico analysis by QGRS Mapper and Palindrome analyser. Plasmids were transformed into E. coli, isolated and then cleaved with enzymes S1 nuclease and restriction endonuclease ScaI. Cleaving with S1 nuclease predicated presence of local structure. Combined S1/ScaI cleavage did not bring satisfying results due to lost of DNA during purification.
In this thesis I focused on quadruplexes and cruciforms formed by DNA. Plasmids pBluescript and others derived from it by inserting oligonucleotid sequences were studied. Sequences forming quadruplexes and cruciforms were found by in silico analysis by QGRS Mapper and Palindrome analyser. Plasmids were transformed into E. coli, isolated and then cleaved with enzymes S1 nuclease and restriction endonuclease ScaI. Cleaving with S1 nuclease predicated presence of local structure. Combined S1/ScaI cleavage did not bring satisfying results due to lost of DNA during purification.
Description
Keywords
Citation
LOFÍTKOVÁ, E. Příprava DNA s lokálními strukturami [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2019.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Chemie pro medicínské aplikace
Comittee
prof. Ing. Miloslav Pekař, CSc. (předseda)
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (místopředseda)
doc. Ing. Petr Dzik, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Michal Veselý, CSc. (člen)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (člen)
Date of acceptance
2019-06-12
Defence
Student prezentoval řešenou práci, její teoretická východiska a vlastní výsledky, zodpověděl dotazy položené oponentem a následně byly poleženy dotazy členů komise. Obruča: Jaké buňky jste používali? Co bylo příčinou vysokých ztrát při čištění? Jak byla ověřena čistota po čištění? Student prokázal velmi dobrou orientaci v dané problematice a schopnost samostatné prezentace získaných výsledků.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena