Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (místopředseda) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen) Ing. Kateřina Jurečková (člen) MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Hozman položil otázku, proč maté nestandardní obsah práce? Ing. Smital položil otázku, co se děje se vzorky po detekci chimér? Jaký je procentuální výskyt chimér v datovém souboru? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSedlář, Karelcs
dc.contributor.authorHeřmánková, Kristýnacs
dc.contributor.refereeJurečková, Kateřinacs
dc.date.accessioned2021-06-18T06:54:25Z
dc.date.available2021-06-18T06:54:25Z
dc.date.created2021cs
dc.description.abstractChimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.cs
dc.description.abstractChimeric sequences are the most common artifacts that can occur in sequencing data after the sample amplification using the polymerase chain reaction. The presence of these artifacts can negatively affect results of the analysis. Therefore, the detection and subsequent filtration of chimeric sequences is an important step in the computational processing of sequencing data. This work deals with the principle of chimera formation and the possibility of reducing their occurrence. The aim of this work is to implement an algorithm for chimeras detection in R language and testing its accuracy on data provided by the Veterinary Research Institute in Brno.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationHEŘMÁNKOVÁ, K. Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.cs
dc.identifier.other134368cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/198490
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectOperační taxonomická jednotkacs
dc.subjectmetagenomikacs
dc.subjectpolymerázová řetězová reakcecs
dc.subjectnext-generation sekvenovánícs
dc.subjectOperational taxonomic uniten
dc.subjectmetagenomicsen
dc.subjectpolymerase chain reactionen
dc.subjectnext-generation sequencingen
dc.titleDetekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenacics
dc.title.alternativeDetection of chimeras in amplicon sequencingen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2021-06-17cs
dcterms.modified2021-06-18-09:00:34cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid134368en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 17:59:18en
sync.item.modts2021.11.12 17:36:32en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
1.39 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
99.8 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_134368.html
Size:
7.05 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_134368.html
Download
Collections
2021