Vývoj postupu pro MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum

Abstract

Práce se zabývá problematikou multilokusového sekvenčního typování Treponema pallidum subsp. pallidum. Tato bakterie ze skupiny spirochét způsobuje pohlavně přenášené onemocnění syfilis. Incidence tohoto onemocnění vede k potřebě lepšího porozumění epidemiologii. MLST typování představuje významný zdroj informací, jak o sekvenčních změnách genů, tak o jejich dopadech na patogenitu této bakterie. Práce se zabývá vytvořením postupu pro MLST typování surových sekvenačních dat získaných z SRA databáze. Využívá běžně dostupných bioinformatických nástrojů a tvoří postup pro stanovení alelického profilu na základě tří, v dnešní praxi používaných, genů - TP0136, TP0548 a TP0705.The thesis deals with the issue of multilocus sequence typing of Treponema pallidum subsp. pallidum. This bacterium from the group of spirochetes causes the sexually transmitted disease syphilis. The incidence of this disease leads to the need for a better understanding of the epidemiology. MLST typing represents a significant source of information, both about sequence changes in genes and their impact on the pathogenicity of this bacterium. The thesis design a procedure for MLST typing of raw sequencing data obtained from the SRA database. It uses commonly available bioinformatics tools and creates a procedure for determining the allelic profile based on three genes used in today's practice - TP0136, TP0548 and TP0705.