Implementace ultrazvukových měničů a tkáňových reprezentací do toolboxu k-Wave
Loading...
Date
Authors
Hanzl, Martin
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Práce popisuje návrh rozšíření nástroje k-Wave určeného k modelování šíření ultrazvuku. Cílem rozšíření je minimalizace prosotorové a časové složitosti pomocí alternativního návrhu reprezentace tkání a měničů v simulaci. V práci jsou objasněny základní principy a vlastnosti k-Wave a následně navržena rozšíření a popsána jejich implementace.
Extensions to k-Wave toolbox used for ultrasound modelling are described. Aim of extensions is to reduce time and space complexity by presenting alternative representations of tissues and transducers in simulation. This project clarifies basic principles and features of k-Wave, describes design of new representations and finally describes implementation of the suggested extensions.
Extensions to k-Wave toolbox used for ultrasound modelling are described. Aim of extensions is to reduce time and space complexity by presenting alternative representations of tissues and transducers in simulation. This project clarifies basic principles and features of k-Wave, describes design of new representations and finally describes implementation of the suggested extensions.
Description
Citation
HANZL, M. Implementace ultrazvukových měničů a tkáňových reprezentací do toolboxu k-Wave [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2018.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Milan Češka, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2018-06-19
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " E ". Otázky u obhajoby: Kromě snížení paměťové náročnosti bylo pro novou reprezentaci materiálů experimentálně naměřeno také zrychlení výpočtu. Jako možné vysvětlení prezentujete propustnost paměti. Jak se změnila aritmetická intenzita výpočtu? Jak by jste svou hypotézu ověřil? Podpora nové reprezentace materiálů a měničů byla implementována do SMP (OpenMP) C++ kódu k-Wave, ale pro provádění velkých simulací se i z důvodu vysokých paměťových nároků používají clustery. Jak složité by bylo implementaci převést do distribuované (MPI) verze, a jak by to ovlivnilo paměťovou náročnost? Je modifikovaná implementace kernelů vhodná pro zpracování na GPU?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena