but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Vladimír Janoušek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jan Platoš, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: 1) Pokud uznáte za vhodné, reagujte prosím na bod 5. 2) V práci je použita osvědčená a v tomto případě snad jediná možná metoda ověření spolehlivosti algoritmu, resp. jeho implementace, a sice analýza umělých dat, se známým počtem repetic ve formátu co nejpodobnějším reálným datům. Z přečteného mám dojem, že tyto syntetické data neobsahovali repetice v přirozeném spektru jejich variability, ale počítali jenom s omezeným počtem repetic a variabilitou způsobenou chybami v sekvenaci. To může vést k nadhodnocení kvality výpočtu oproti tomu, co by se dělo v datech s reálnými repeticemi, které se často liší od sebe v desítkách procent nukleotidů, i když patří do stejné rodiny, či jiné evolučně příbuzné skupiny. Reagujte prosím potvrzením nebo vyvrácením této zkutečnosti, zkušenostmi s programem v tomto směru nebo návrhy pro nápravu.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Martínek, Tomáš	en
dc.contributor.author	Bikár, Robert	en
dc.contributor.referee	Lexa, Matej	en
dc.date.created	2016	cs
dc.description.abstract	Hlavní motivací diplomové práce bylo najít vhodný algoritmus, který by vytvořil grafovou reprezentaci NGS sekvenačních dat v lineárním čase. Zvolenou metodou pro reprezentaci je de Bruijnův graf. V další části práce byl navrhnut nástroj, který je schopen transformovat graf do přijatelné podoby pro vykreslování, a dále je schopen odstraňovat chyby, které vznikají při konstrukci grafu. Cílem práce je vytvořit nástroj, který rekonstruuje repetitivní segmenty v DNA. Implementovaný nástroj byl otestován a je schopen identifikovat opakující se segmenty, určit jejich typy, vizualizovat je a sestavit jejich sekvenci na jednodušších genomech s velkou přesnotí. Při použití složitějších genomů, nástroj nalezne pouze fragmenty repetitivních segmentů.	en
dc.description.abstract	The main motivation for master's thesis is to find suitable algorithm that creates a graph representation of NGS sequencing data in linear time. De Bruijn graph was chosen as a method for research. Next, the tool was designed to be able to transform the graph and correct errors created during construction of the graph. The main aim of the thesis is to implement a tool that reconstructs repetitive segments in DNA. Implemented tool was tested and is able to identify repetitive segments, specify types, visualize them properly and is also able to assemble their sequence with fine accuracy on simpler genomes. When using complex genomes, tool is able to reconstruct only fragments of repetitive segments.	cs
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	BIKÁR, R. Rekonstrukce opakujících se segmentů DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2016.	cs
dc.identifier.other	96517	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/61884
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	bioinformatika	en
dc.subject	DNA	en
dc.subject	opakující se elementy DNA	en
dc.subject	transposon	en
dc.subject	DNA satelit	en
dc.subject	de Bruijnův graf	en
dc.subject	bioinformatics	cs
dc.subject	DNA	cs
dc.subject	repetitive elements of DNA	cs
dc.subject	transposon	cs
dc.subject	DNA satellite	cs
dc.subject	de Bruijn graph	cs
dc.title	Rekonstrukce opakujících se segmentů DNA	en
dc.title.alternative	Reconstruction of Repetitive DNA Segments	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2016-06-20	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:39	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	96517	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:22:30	en
sync.item.modts	2025.01.17 15:09:58	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Rekonstrukce opakujících se segmentů DNA

Files

Original bundle

Collections