Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (předseda) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (člen) prof. MUDr. Aleš Hep, CSc. (člen) Mgr. Martina Raudenská, Ph.D. (člen) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Otázka oponenta: Jaká je senzitivita a specificita automatické detekce gelových linií a pozic bandů vašeho algoritmu? Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. položil otázku: Existuje databáze snímků? Mgr. Martina Raudenská, Ph.D. položila otázku: Jaké je složení gelů? Prof. MUDr. Aleš Hep, CSc. položil otázku: Jak se nabijí částice? Nemůže dojít k výboji? Student odpověděl na otázky oponenta a členů komise. Student obhájil bakalářskou práci.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorVítek, Martincs
dc.contributor.authorJaroš, Lubošcs
dc.contributor.refereeŠkutková, Helenacs
dc.date.accessioned2019-05-17T14:24:43Z
dc.date.available2019-05-17T14:24:43Z
dc.date.created2015cs
dc.description.abstractGelová elektroforéza je metoda sloužící k separaci a analýze makromolekul, které mají elektrický potenciál. Tato metoda je hojně používaná v mnoha odvětvích vědy a medicíny, avšak trpí na různá zkreslení obrazu. Bakalářská práce nejprve popisuje různé druhy zkreslení a existující metody pro detekci drah a bandů v gelové elektroforéze. Jádro práce představuje novou metodu detekce jednotlivých drah a předzpracování obrazu gelové elektroforézy založenou na výpočtu směrodatné odchylky z horizontální segmentace obrazu, implementovanou v prostředí Matlab. Úspěšnost navržené detekce drah je 96,7 % z testovaných 35 obrazů gelové elektroforézy. Následuje detekce bandů z vertikálního profilu a vykreslení binárního obrazu, který může být použit k další analýze. Přestože není detekce bandů plně automatizována, lze vhodným nastavením dosáhnout úspěšnosti 86,4 %.cs
dc.description.abstractGel electrophoresis is an important method used for separation and analysis of macromolecules with electric potential. This well-established method has a big potential in medicine and science, however, the output images often suffer from distortion. This work describes several known sources of distortion and elaborates on existing methods of the track detection in gel electrophoresis. The core of this thesis introduces a new method to detect individual tracks and image pre-processing based on the standard deviation calculated on the horizontal segmentation of the image. The proposed algorithm is implemented and tested in Matlab. The success rate of the proposed method reaches 96,7 % on 35 test images of gel electrophoresis. The next phase is the band detection in the vertical profile and the binary image drawing. Although the band detection is not fully automated, a detection success rate achieves up to 86,4 % when proper setting is used.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationJAROŠ, L. Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.cs
dc.identifier.other84353cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/40738
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subject1D gelová elektroforézacs
dc.subjectzkreslení obrazucs
dc.subjecthorizontální segmentacecs
dc.subjectvertikální segmentacecs
dc.subjectMatlabcs
dc.subject1D gel electrophoresisen
dc.subjectimage distortionen
dc.subjecthorizontal segmentationen
dc.subjectvertical segmentationen
dc.subjectMatlaben
dc.titlePředzpracování obrazu 1D gelové elektroforézycs
dc.title.alternativePreprocessing of 1D gel electrophoresis imageen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2015-06-17cs
dcterms.modified2015-06-18-15:25:34cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid84353en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 20:59:06en
sync.item.modts2021.11.12 20:22:09en
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
4.03 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
3.68 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_84353.html
Size:
4.77 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_84353.html
Download
Collections
2015