Satellite DNA and Transposable Elements in Seabuckthorn ( Hippophae rhamnoides ), a Dioecious Plant with Small Y and Large X Chromosomes

Simple item page
dc.contributor.authorPuterová, Jankacs
dc.contributor.authorRazumova, Olgacs
dc.contributor.authorMartínek, Tomášcs
dc.contributor.authorAlexandrov, Olegcs
dc.contributor.authorDivashuk, Mikhailcs
dc.contributor.authorKubát, Zdeněkcs
dc.contributor.authorHobza, Romancs
dc.contributor.authorKarlov, Gennadycs
dc.contributor.authorKejnovský, Eduardcs
dc.coverage.issue1cs
dc.coverage.volume9cs
dc.date.issued2017-02-02cs
dc.description.abstractSeabuckthorn (Hippophae rhamnoides) is a dioecious shrub commonly used in the pharmaceutical, cosmetic, and environmental industry as a source of oil, minerals and vitamins. In this study, we analyzed the transposable elements and satellites in its genome.We carried out Illumina DNA sequencing and reconstructed the main repetitive DNA sequences. For data analysis, we developed a new bioinformatics approach for advanced satellite DNA analysis and showed that about 25% of the genome consists of satellite DNA and about 24% is formed of transposable elements, dominated by Ty3/Gypsy and Ty1/Copia LTR retrotransposons. FISH mapping revealed X chromosome-accumulated, Y chromosome-specific or both sex chromosomes-accumulated satellites but most satellites were found on autosomes. Transposable elements were located mostly in the subtelomeres of all chromosomes. The 5S rDNA and 45S rDNA were localized on one autosomal locus each. Although we demonstrated the small size of the Y chromosome of the seabuckthorn and accumulated satellite DNA there, we were unable to estimate the age and extent of the Y chromosome degeneration. Analysis of dioecious relatives such as Shepherdia would shed more light on the evolution of these sex chromosomes.en
dc.description.abstractRakytník (Hippophae rhamnoides) je dvoudomý keř bežně používán ve farmaceutickém, kosmetickém a enviromentálním průmyslu jako zdroj oleje, minerálů a vitamínů. V této studii jsme analyzovali transpozony a satelity v jeho genomu. Vykonali jsme Illumina sekvenování a rekonstruovali jsme hlavní repetitivní DNA sekvence. Pro analýzu dat jsme vyvinuli nový bioinformatický přístup pro pokročilou analýzu satelitní DNA a ukázali jsme, že okolo 25% genomu tvoří satelitní DNA a asi 24% je tvořených transpozony, u kterých dominují Ty3/Gypsy a Ty1/Copia LTR retrotranspozony. FISH mapování odhalilo satelit akumulovaný na X chromozomu, Y specifický satelit a satelit akumulovaný na obou pohlavních chromozomech, přičemž většina satelitů byla nalzena na autosomech. Transpozibilní elementy byly umístněny většinou v subtelomerách všech chromozomů. 5S rDNA a 45S rDNA byly lokalizovány každá na jednom autosomálním lokusu. Přestože jsme demonstrovali malou velikost Y chromozomu a na něm akumulovanou satelitní DNA, nebyli jsme schopni odhadnou věk a rozsah degenerace Y chromozomu. Analýza dvoudomých příbuzných jako je např. Shepherdia by lépe objasnila evoluci pohlavních chromosomů.cs
dc.formattextcs
dc.format.extent197-212cs
dc.format.mimetypeapplication/pdfcs
dc.identifier.citationGENOME BIOL EVOL. 2017, vol. 9, issue 1, p. 197-212.en
dc.identifier.doi10.1093/gbe/evw303cs
dc.identifier.issn1759-6653cs
dc.identifier.orcid0000-0003-3118-8475cs
dc.identifier.other144426cs
dc.identifier.scopus57194833903cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/137198
dc.language.isoencs
dc.relation.ispartofGENOME BIOL EVOLcs
dc.relation.urihttps://academic.oup.com/gbe/article/9/1/197/2830930cs
dc.rightsCreative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 Internationalcs
dc.rights.accessopenAccesscs
dc.rights.sherpahttp://www.sherpa.ac.uk/romeo/issn/1759-6653/cs
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/cs
dc.subjectsex chromosomesen
dc.subjectgenome compositionen
dc.subjectchromosomal localizationen
dc.subjectrepetitive DNAen
dc.subjectpohlavní chromozomy
dc.subjectkompozice genomu
dc.subjectchromozomální umístění
dc.subjectrepetitivní DNA
dc.titleSatellite DNA and Transposable Elements in Seabuckthorn ( Hippophae rhamnoides ), a Dioecious Plant with Small Y and Large X Chromosomesen
dc.title.alternativeSatelitní DNA a transpozibilní elementy u rakytníku (Hippophae rhamnoides), dvoudomá rostlina s malým Y a velkými X chromosomycs
dc.type.driverarticleen
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.type.versionpublishedVersionen
sync.item.dbidVAV-144426en
sync.item.dbtypeVAVen
sync.item.insts2024.03.25 03:46:03en
sync.item.modts2024.03.25 03:14:30en
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémůcs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
evw303.pdf
Size:
2.15 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
evw303.pdf
Download
Collections
Ústav informačních systémů