but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Zkoušel jste obsah nalezených eORF rámců vyhledávat ve veřejných databázích a identifikovat jejich původ? Zkoušel jste výsledky nástroje porovnávat s existujícími studiemi, které popisují přítomnost tandemových opakování nebo eORF?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Puterová, Janka	cs
dc.contributor.author	Jenčo, Michal	cs
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	cs
dc.date.created	2017	cs
dc.description.abstract	Táto práca poskytuje teoretické východiská pre návrh nového bioinformatického nástroja pre anotáciu transpozónov so zameraním na ich prídavné štruktúrne prvky. Sú v nej z biologického hľadiska popísané transpozóny, mobilné elementy v DNA, ich rozdelenie a vnútorná štruktúra. Ďalej sa zaoberá prehľadom a rozdelením dostupných bioinformatických nástrojov na identifikáciu a anotáciu transpozónov, popisom funkcie a implementácie vybraných z nich. Následne je popísaný návrh a implementácia nového bioinformatického nástroja na vyhľadávanie a anotáciu LTR retrotranspozónov so zameraním na extra ORF a tandemové repetície. Funkcionalita nástroja bola testovaná na genóme A. thaliana. Bolo identifikovaných 95 skupín konzervovaných extra ORF a 10 skupín konzervovaných tandemových repetícií.	cs
dc.description.abstract	This thesis provides theoretical resources for the design of a new bioinformatics tool for transposon annotation with focus on their additional structural elements. There is a biological description of transposons, the mobile elements in DNA, their classification and structure. It further deals with the overview and classification of available transposon identification and annotation bioinformatics tools, description of function and implementation of a select few. Next we state the scheme of a new bioinformatics tool for LTR retrotransposon identification and annotation with a focus on extra ORFs and tandem repeats. The functionality of this new tool was tested on the A. thaliana genome. We identified 95 groups of conserved extra ORFs and 10 groups of conserved tandem repeats.	en
dc.description.mark	C	cs
dc.identifier.citation	JENČO, M. Bioinformatický nástroj pro anotaci transposonů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2017.	cs
dc.identifier.other	106345	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/69517
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	transpozóny	cs
dc.subject	satelitná DNA	cs
dc.subject	bioinformatika	cs
dc.subject	anotácia	cs
dc.subject	extra ORF	cs
dc.subject	tandemové repetície	cs
dc.subject	LTR retrotranspozóny	cs
dc.subject	transposons	en
dc.subject	satellite DNA	en
dc.subject	bioinformatics	en
dc.subject	annotation	en
dc.subject	extra ORF	en
dc.subject	tandem repeats	en
dc.subject	LTR retrotransposons	en
dc.title	Bioinformatický nástroj pro anotaci transposonů	cs
dc.title.alternative	Bioinformatics Tool for Transposons Annotation	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2017-06-21	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:13:01	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	106345	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:24:48	en
sync.item.modts	2025.01.15 16:34:22	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Bioinformatický nástroj pro anotaci transposonů

Files

Original bundle

Collections