Zpracování a analýza bakteriálních metylomů z nanopórového sekvenování

Abstract

Tato diplomová práce se zabývá analýzou bakteriálních metylomů z nanopórových dat. Cílem bylo sestavit literární rešerši seznamující čtenáře s DNA metylacemi, se sekvenačními technikami se zaměřením na Oxford Nanopore sekvenování a na nástroje, algoritmy a formáty dat umožňující detekci metylací. V praktické části byl navržen postup na sestavování a anotaci vzorků a taky na detekci metylací ve vzorcích pomocí specifických referencí a s univerzální referencí. Oba tyto postupy byly realizovány na deseti vzorcích bakterie Klebsiella pneumoniae.This master´s thesis focuses on the analysis of bacterial methylomes from nanopore sequencing data. The aim was to conduct a literature review introducing readers to DNA methylation, sequencing techniques with an emphasis on Oxford Nanopore sequencing, and tools, algorithms, and data formats for methylation detection. In the practical part, input samples were assembled and annotated and the pipeline for methylation detection was desgined and implemented using both specific and universal references. These procedures were applied to ten samples of the bacterium Klebsiella pneumoniae.