TROTT, E. Vyhledávání LTR retrotranspozonů v lidském genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Student Eduard Trott se ve své práci zabývá poměrně okrajovou záležitostí bioinformatiky, a to predikcí LTR retrotranspozonů v lidském genomu technikou de novo. Byť jde téma mimo hlavní směr predikce LTR, neubírá to nic na jeho zajímavosti a v některých ohledech nenahraditelnosti technikami založenými na vyhledávání pomocí homologií, což student ve své práci dobře diskutuje. Teoretická část práce nejprve shrnuje dostupné znalosti o repetitivních elementech genomu, které jsou potřebné pro navržení efektivního přístupu jejich vyhledávání a následně pojednává o již dostupných technikách jejich identifikace. V praktické části student navrhl vlastní přístup, který implementoval v jazyce Python. Celý nástroj je pak volně dostupný na portálu GitHub, a to včetně velmi dobré dokumentace a návodu na použití. Navíc velmi jednoduchou cestou dle návodu, s využitím regulárních výrazů, je uživatel schopen upravit výstup tak, aby byl následně použitelný pro identifikaci nalezených elementů pomocí nástrojů genometools. Implementaci tedy považuji na úrovni bakalářského studia za nadstandardní, v podstatě se jedná o hotový nástroj použitelný širší bioinformatickou komunitou. V poslední části práce je pak srovnání navrženého nástroje se dvěma již existujícími, které považuji za dobré, mohlo by být ale podrobnější, např. hodnotit podobnost LTR konců. Celá práce je psaná anglicky a je poměrně srozumitelná a vcelku dobře členěná, jako důvod nejednoznačností v některých formulacích považuji jazykovou bariéru studenta, a to jak v angličtině, tak češtině, jelikož práci vypracovával svědomitě, využil dostatečný počet kvalitních literárních referencí a výsledky průběžně konzultoval. Po formální stránce mám k práci několik výhrad, například citace zdrojů jsou podtržené, seznam literatury není číslován podle výskytu v textu ani podle abecedy, v práci se občas objevují nevhodné osamocené řádky, tabulka 4.4-1 je rozdělena na 2 strany aj. Protože tyto nedostatky hodnotím jako méně závažné a zadání práce považuji za bezezbytku splněné, doporučuji práci k obhajobě a hodnotím ji jako velmi dobrou.
Student Eduard Trott řešil práci na téma identifikace LTR retrotranspozonů v lidském genomu, což je na bakalářskou práci celkem složité téma, k jehož řešení musel student nastudovat množství cizojazyčné odborné literatury. Práce je psaná anglicky na přijatelné úrovni. Po formální stránce je práce dobrá až na horší kvalitu některých převzatých obrázků a nestandardní podtrhávání odkazů na literární zdroje a odkazy na obrázky. Literární rešerše typů transpozonů a metod jejich identifikace je dobře zpracovaná. Popis vlastní implementace de novo algoritmu pro identifikaci retrotranspozonů v lidském genomu a diskuze výsledků testování je zpracována na 10 stranách. V popisu implementace je uvedeno několik příkladů částí programového kódu, především však v případě kódu na str. 25 by bylo vhodnější uvést vývojový diagram či rozšířit slovní popis funkce kódu. Celkově je popis vlastní implementace značně stručný. Výsledky testování byly porovnány s dvěma dalšími softwary. Oceňuji možnost zobrazení výsledků v UCSC genom browser. Samotná programová implementace je na vynikající úrovni a zadání práce bylo splněno. Práci hodnotím 85 body.
eVSKP id 94149