RUSZOVÁ, K. Vývoj paralelního zobrazení regenerace podkožních vrstev tomografickou a histologickou metodou [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Diplomová práce Kristíny Ruszové splnila cíle definované v zadání i finální cíl získat v praxi použitelnou metodiku pro detailní budoucí snímkování vývoje hojení centimetrových kožních ran a jizev v preklinických studiích. Metodika je ještě doplněna prototypovým softwarovým nástrojem lehce použitelným pro veterinární lékaře a výzkumná praocviště. Komplexní metoda je po odevzdání DP s externími pracovišti dále finalizována a optimalizována pro širší použití v praxi. Prezentační úroveň a návaznost textu je velmi dobrá, formální aspekty práce jsou precizní. Diplomantka provedla velmi širokou rešerši a vybrala relevantní informace jak o biologickém procesu tak o použitelné paletě optických i jiných detekčních technik, které byly v minulosti použity na odobné biologické struktury. Výsledky prezentuje velmi přehledně, profesionální dojem kazí jen několik záměn a nepřesností při prezentaci T1 map, v závěrečných kapitolách mohla také více okomentovat rozlišení podkožních vrstev a problamatiku rozlišení obrazů zacelování rány při různých etapách subepidermánlního a epidermálního hojení na defektních zvířatech. Oceňuji aktivitu diplomantky během řešení práce, i díky svým dřívějším pracovním zkušenostem na MRI pracovišti se velmi rychle zorientovala v technické specifikaci 9,4 Teslového přístroje na UPT a pravidlech práce v této laboratoři Akademi věd ČR, seznámila se s problamatikou přípravy vzorků a zpracování dat, detaily exportu a zpracování dat aktivně operativně řešila s externím pracovišti.
Diplomová práce se zabývá zobrazováním biologických ex vivo vzorků tkání (jizev, kolagenních vrstev) pomocí NMR a histologického zobrazování (barvení řezů tkáně a zobrazení optickým mikroskopem) pro hodnocení regenerace kůže. Práce měla zjistit možnosti NMR modality v režimu anatomického multi-kontrastního zobrazení. Teoretická část obsahuje anatomický a funkční popis kůže, princip a vývoj hojení kožních ran po traumatickém poranění. Dále navazuje teorie histologického zobrazování včetně všech kroků nutných pro získání histologického snímku. K této části nemám výhrady až na pár překlepů nebo nepřeložených anglických termínů. Chybí barevný odstín kolagenních vláken v Tab. 1. při H&E barvení. NMR teorie je také napsána v rozumném rozsahu, i když některé formulace jsou nepřesné nebo zavádějící. Chybí obecný popis principu pulzních sekvencí pro získání dat pro rekonstrukci obrazu. V práci se často mluví o „kontrastu“ tkáně apod., ale spíše ve smyslu úrovně signálu. Pojem kontrast má jiný význam. Praktická část práce sestává z měřených vzorků kůže na preklinickém NMR systému a pomocí histologie. Byly naměřeny tkáně s různým typem fixace, v různých prostředích a s různými technikami. Je jasné, že pokud prostředí je intenzitně dominantní, bude se vzorek jevit tmavší. Pro korektní srovnání by bylo vhodné srovnat jasové intenzity podle referenčního regionu (Tab. 3. vs. Tab. 5.). V práci je uvedeno, že fyziologický roztok může způsobit artefakty. Nemyslím si, že by to byla pravda (za určitých okolností může docházet k artefaktům vlivem dielektrických vlastností, toto ale určitě nebyl tento případ). U vzorků fixovaných formaldehydem není uvedeno kolikaprocentní roztok to byl, což je důležitá informace. Kromě T1 a T2 váhovaných snímků byly pořízeny a vypočítány relaxometrické mapy T1 a T2 (Tab. 10). Zde mám dojem, že T1 mapy nejsou správné (rozsah do 50 ms neodpovídá tkáním tohoto typu, očekával bych stovky milisekund). T2 mapování je pravděpodobně správné vzhledem k rozsahu hodnot. Mám ale pochybnost, jestli jsou obrazy skutečně parametrickými mapami a nedošlo k zobrazení zdrojových dat, nebo jiného parametru. Předpokládám, že byla použita povrchová cívka, jejíž citlivostní profil je v obrazech viditelný. Parametrická mapa T1, nebo T2 by neměla z principu vykazovat vliv citlivostního profilu. Není jasné, jaký matematický model relaxace byl použit. Chybí zde popis akvizičních parametrů, které chybí i u mnoha dalších snímků. Zobrazovací utilita je dle zadání funkční, ale moc nechápu její smysl. Umožňuje pouze základní operace s obrazy. Očekával bych alespoň základní funkce registrace obrazů, které by mohly fungovat alespoň na hrubé slícování. Poté by pomocí manuálních prvků došlo k jemnému doladění překryvu. Přes uvedené výhrady se domnívám, že práce měla velký záběr a prokázalo se, že je možné sledovat proces hojení. Bylo potřebné nastudovat mnoho teorie a zajistit návaznost praktických měření, což oceňuji. Po formální stránce nemám k práci výhrady. Literatura je adekvátního rozsahu. Citace odpovídají normě. Celkově považuji zadání práce za splněné a vzhledem ke zmíněným výhradám hodnotím známkou C/73 b. Práci doporučuji k obhajobě.
eVSKP id 126752