SVOBODA, M. Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.
Předložená bakalářská práce je zpracována na 27 stranách od úvodu po závěr, vlastní řešení práce a výsledky jsou popsány na 12 stranách. Citováno je 18 zdrojů literatury. Student práci řešil převážně samostatně, během semestru několikrát konzultoval. Z formálního hlediska trpí práce především množstvím překlepů a chyb, k dalším nedostatkům patří např.: citace literatury není postupná, nejednotné fonty u vzorců, duplikace vzorců, množství neodborného vyjadřování a mnohé části textu jsou hůře pochopitelné, především popis vlastního řešení. K řešené problematice existuje velké množství kvalitní literatury převážně však anglicky psané. K nižší úrovni zpracování rešerše nejspíše přispěla horší schopnost studenta porozumění anglickému textu. Student měl realizovat automatickou extrakci CDS úseků z celogenomových mitochondriálních sekvencí, následně geny pro zájmovou skupinu organismů zarovnat a spočítat poměr nesynonymních a synonymních mutací s využitím některých evolučních modelů, přičemž tento poměr ukazuje na možnou pozitivní či negativní selekci. Svoje výsledky měl porovnat s volně dostupným nástrojem PAML. V průběhu řešení práce jsme se studentem dohodli, že je možné výsledky vlastního řešení porovnat s výsledky poměrů synonymních a nesynonymních mutací z nástroje KaKs Calculator místo nástroje PAML. Čímž byl pozměněn bod zadání č. 5. Na konci práce se nějaké porovnání s nástrojem PAML vyskytuje, tento nástroj je však naprosto nedostatečně popsán a špatně jsou interpretovány výsledky nástroje. Stejně tak je málo popsán nástroj KaKs Calculator, kterému je věnován pouze jeden odstavec. V elektronické příloze je množství programového kódu, který však nelze dostatečně otestovat, neboť nebyl přiložen návod, jak ve spouštění funkcí postupovat. V textu práce je na obr. 6 blokové schéma postupu práce, které je principiálně správně, dále v textu je několik funkcí a jejich parametrů zmíněno, ale přesný postup není přehledně popsán včetně toho, co je potřeba na vstupu funkcí a co je výstupem. Popis řešení je často těžko srozumitelný. Student nazval svoji funkci velmi podobně jako nástroj, se kterým má své výsledky porovnat, což vede k tomu, že není jasné, odkud prezentované výsledky pochází. Dále píše, že testoval 20 organismů, ale v Tab. 5 je uvedeno jen 13 organismů. Postrádám smysl Tab. 6. Závěrem student alespoň správně vyhodnocuje, že se v mitochondriálních genech vyskytuje převážně negativní selekce. Vzhledem k výše uváděným nedostatkům je práce na hranici obhajitelnosti.
Tématem bakalářské práce studenta Matěje Svobody je vytvoření funkce pro sledování pozitivních a negativních selekcí mitochondriálního genomu a její následné porovnání s výsledky získanými nástrojem PAML. Tato práce trpí zcela zásadními nedostatky. Po formální stránce je na velmi nízké úrovni – text je pro čtenáře často těžko srozumitelný, obsahuje poměrně velké množství překlepů a gramatických chyb, ve většině případů zcela chybí odkaz nebo jakýkoliv komentář k obrázkům v textu a celkově je práce plná drobnějších i větších formátovacích chyb. Navíc rozčlenění práce nebylo zvoleno zcela vhodně. Po obsahové stránce teoretická část práce nesplňuje hned první bod zadání. Jádro teorie popisující evoluční modely je zmíněno pouze na třech stranách a student se od něj navíc vůbec nedostal ke klíčové problematice, tedy k metodám řešícím právě výpočet negativní a pozitivní selekce. Jedinou zmínkou v celé práci je tak kapitola 5. KaKs kalkulátor, která nejen že zaujímá pouze čtvrt strany, navíc není nikam zařazena. Není tak zcela jasné, zda student problematice plně porozuměl. Praktická část práce nesplňuje požadavky zadání. Místo srovnání výstupů funkce pro výpočet pozitivní a negativní selekce s výstupy nástroje PAML (5. bod zadání), jsou tyto výstupy porovnávány se dvěma modely výpočtu evoluční vzdálenosti nukleotidových sekvencí. Výsledky získané nástrojem PAML jsou zde uvedeny pouze pro dva organismy, což je nedostačující srovnání. Celkově je diskuse dosažených výsledků značně strohá a obsahuje výsledky pouze pro mitochondriální genomy obratlovců bez uvedení výsledků pro bezobratlé, čímž nebyl splněn ani 4. bod zadání. Další výtku k praktické části mám k jejímu chaotickému zpracování, kde z textu není vždy zcela jasná úloha popisované funkce. I přes to, že student vytvořil funkci pro výpočet negativní a pozitivní selekce, není zde nikde uveden zdroj, ze kterého čerpal, ani o kterou metodu se jedná (pozn. metoda Nei-Gojobori), a není tak zcela jasné, kde student ke zvolenému postupu přišel. Použité rovnice navíc nejsou vždy popsány korektně, viz rovnice 6.1, 6.2, nebo jsou až nesmyslné, viz rovnice 7.11. Student na konci své práce používá výpočet evoluční vzdálenosti pomocí dvou modelů pro nukleotidy v posuvném okně, kde nejenže opět nevyhodnocuje pozitivní a negativní selekci a odkloňuje se tak od tématu práce, ale výstup navíc nekorektně popisuje jako míru substituce, a ne evoluční vzdálenost. Vzhledem k celkově nízké úrovni práce a závažnosti některých chyb hodnotím práci jako nedostatečnou a navrhuji hodnocení F (35 bodů).
eVSKP id 102807