ŠANDOVÁ, H. Genotypizace bakterií na základě teploty tání oligonukleotidů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Studentka Hana Šandová vypracovala bakalářskou práci na téma genotypizace bakterií pomocí výpočtu teplot tání DNA sekvencí. Teoretická část práce se zabývá popisem DNA, typizací bakterií a technikami pro stanovení teploty tání oligonukleotidů a to jak laboratorně, tak výpočetně. V praktické části studentka nejprve vytvořila funkce pro výpočet teploty tání na základě 4 různých metod, které je navíc možné ovládat pomocí vytvořeného GUI. Následně pracovala s reálně naměřenými daty 52 izolátu Klebsiella pneumoniae, kde pro každý vzorek zjistila teplotu tání dané sekvence a získané hodnoty teplot srovnala s výpočetně stanovenými. V poslední části klasifikovala bakterie na základě vypočítaných teplot tání, a to pomocí hierarchického a nehierarchického shlukování. Na závěr je diskutována diskriminační schopnost výpočtu teplot tání, kde studentka dochází k závěru, že výpočetní metody nelze použít pro genotypizaci, jelikož jsou schopny rozlišit bakteriální izoláty jen na úrovni MelT typů, a nikoliv sekvenčních typů či ještě detailněji, jak je to nutné pro typizaci blízce příbuzné bakteriální populace. Po formální stránce je práce na dobré úrovní s minimem překlepů a text je logicky členěn do jednotlivých kapitol. Studentka pracovala samostatně, případné problémy včas konzultovala. Zadání považuji za splněné, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm A/95 bodů.
Studentka Hana Šandová se ve své bakalářské práci zaměřila na experimentální téma, jež mělo otestovat potenciál současných výpočetních metod pro stanovení teploty tání sekvencí DNA za účelem zvýšení citlivosti rychlých laboratorních genotypizačních technik. Závěrem práce však je, že metody buď nenabízejí dostatečnou přesnost, nebo jsou parametry nastavení potřebné ke zvýšení citlivosti laboratorně nerealizovatelné. Přesto velký přínos práce je už samotná srovnávací analýza výpočetních metod stanovení teploty tání, která je v české i zahraniční literatuře unikátní, a navíc podpořená laboratorní verifikací. Součástí práce je kvalitní literární rešerše podložená 19 převážně zahraničními zdroji. Mírně však vytýkám zařazení přednášek z předmětu jako relevantní referenci. Celkově je práce po formální i odborné stránce na nadprůměrné úrovni, vytýkám jen místy nedostatečný popis některých grafických výstupů. Zejména grafy z analýzy siluet by bylo vhodné v textu lépe okomentovat a popisky os grafů by měly být podrobnější, doplněné o jednotky fyzikálních veličin. Přes zmíněné nedostatky je práce na výborné úrovni a závěry stanovené v práci budou přínosné další experimentální činnosti na UBMI.
eVSKP id 126727