HATRINH, H. Detekce buněčných procesů v sekvenci snímků [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Zadání bakalářské práce studenta Ha Trinh Hung Anh-a bylo zadáním realizovaným v rámci spolupráce s Fakultou strojní a ústavem fyzikálního inženýrství při fakultě strojní na VUT v Brně. Již v rámci tvorby zadání a dále i při řešení práce komunikoval student také s externím konzultantem Ing. Zbyňkem Dostálem, Ph.D. (CEITEC, UFI FME VUT), který se podílel na tvorbě zadání a vypracoval také posudek konzultanta práce, kde kladně hodnotí přístup studenta, ale také mu vytýká menší zájem o komunikaci během řešení práce. Konzultant studenta hodnotí stupněm: C. Moje role jako vedoucího práce bylo studenta při tvorbě zadání spíše směřovat tak, aby zadání bylo realisticky obtížné a ve vyhrazeném čase jediného semestru i reálně zvládnutelné. Cílem práce byla detekce specifickým buněčných procesů v sekvenci snímků pořízených pomocí Q-Phase mikroskopu. Jednalo se tedy o zadání náročnější svým multioborovým zaměřením směřujícím nad rámec bakalářského studia na UAMT FEKT. Úkolem studenta bylo se seznámit s pracovištěm obsahujícím uvedený mikroskop, pořízení vhodného datasetu se sekvencemi snímků obsahující vhodné živé buňky, definice vhodných životních procesů které je možné na sekvenci snímků detekovat. Mezi další úkoly patřil, návrh vhodných algoritmů automatizované detekce těchto procesů, odzkoušení funkčnosti a spolehlivosti těchto algoritmů a závěrečné zhodnocení dosažených výsledků. Text bakalářské práce je psán v anglickém jazyce a prvotní kapitoly jsou zpracovány kvalitněji než kapitoly závěrečné, kde již postrádám detailnější informace o realizovaných algoritmech a provedených experimentech s učícími metodami. V průběhu řešení bakalářské práce, student využíval konzultací v naprosto minimální míře a pracoval převážně samostatně, možná až příliš. Mám obavu, zda nenabyl falešného dojmu, že již při řešení dalších částí práce není, co konzultovat a realizace výsledného algoritmu, je již jen a pouze v jeho režii. Student věnoval řešení práce dostatek času, jednotlivé úkoly si hlavně v počátcích řešení práce vhodně rozvrhl. V dalším průběhu práce se ale pravděpodobně dostal do jisté letargie, která se však i přes studentovo závěrečné zvýšené úsilí, projevila negativně na kvalitě dosažených výsledků i výsledné formální úrovní textu práce. Zodpovědně také musím konstatovat, že text práce jsem nemohl ani po obsahové či formální stránce nijak korigovat, neboť student doručil text až v den odevzdání. Přes formální nedostatky textu práce je ale patrné množství studentem odvedené práce a proto jsem se práci rozhodl od studenta převzít. Předložené práci ale jako vedoucí navrhuji hodnocení: Uspokojivě – D. (65)
Práce je psána v anglickém jazyce. Hlavní text má rozsah 38 stránek, ale je zde značné množství prázdných stránek - patrně vliv špatné šablony pro tvorbu textu). Jsou zde také ponechány kapitoly, které neobsahují žádný text (Listings; List of appendices). V práci se vyskytují chyby, zvláště pak v rozšířeném českém abstraktu. Zadání patří ke složitějším, jak svým obsahem, tak specializovaným zaměřením. Zdá se mi, že se jedná o externí zadání, které je na BP dosti obsáhlé a místy nekonkrétní. Píše se o „cellular processes“ a jejich detekci. V práci je uvedeno, že těmito procesy se myslí dělení buněk. Tento proces měl být definován – což se stalo na ilustraci Obr. 2.3. Důležitější je ovšem popis z hlediska snímaných dat, tedy vlastnosti, díky kterým se pozná, že detekovaná vlastnost právě nastala, a to v termínech skutečně přítomných na reálném snímku, což v práci chybí. Toto je požadavkem i bodu 2. Zde je i požadavek nasnímání datasetu – ten je v práci popisován, ale není na DVD přiložen, proto není možné ho zhodnotit. Splnění tohoto bodu zadání je tedy možné jen podle citací v textu práce. Popsané pořízení datasetu patří mezi obtížné, což patrně vysvětluje jeho menší rozsah. Z hlediska požadavku detekce/segmentace lze zadání považovat za splněné, i když student vynechal v rozboru řešení kategorii segmentací s přihlédnutím k lokálním podmínkám, a vyhodnocoval obraz globálně, což je pro jeho typ scény nevhodné. V tomto bodu zadání je požadavek na stanovení metrik a vlastností pro detekci. Metriky a vlastnosti byly stanoveny a použity obecně v maximálním rozsahu, bez hlubších souvislostí s tím, co je potřeba detekovat. Další body zadání považuji za splněné. V kapitole 1 se popisuje použitá optická soustava a v kapitole 2 základní buněčné vlastnosti. Bylo by vhodné, kdyby tyto kapitoly byly pro lepší představu doplněny snímky z vlastní realizace. V této kapitole mi značně chybí uvést, co je úkolem, a jeho základní specifikace. V kapitole 3 popisuje nástroje pro zpracování obrazu a v kapitole 4 nástroje strojového učení, které hodlá v práci používat. U segmentace chybí uvést alternativní metody, zvláště když na přiložených obrázcích je vidět, že vybraná metoda není nejvhodnější. Kapitola 6 popisuje zvolené řešení. Na začátku chybí nástin celého řešení, potom rozbor jednotlivých kroků, aby bylo možné jednotlivé nesouvisející kapitoly zařadit do kontextu řešené úlohy. U metody watershed, stejně jako u metod z kapitoly 7 postrádám konkrétní přístup a nastavení (např. počet vrstev sítě, parametry učení …) Kapitola 8 popisuje parametry vypracovaného programu. Program je vhodně navržen s parametry umožňujícími sledovat postupně činnost programu. Bohužel o samotném programu, včetně jména aplikace ke spuštění, není v textu zmínka. Následuje přehled dosažených výsledků. Je zde tabulka obsahující jednotlivé metody detekce, bohužel její vypovídací hodnota je minimální. Tabulka není v textu citovaná, není tedy popsaný její obsah, například jak je definována/získána „accuracy“. Pro zhodnocení výsledků by bylo vhodné/nutné znát i parametry použitých metod detekce, proces a parametry jejich učení, ... Student nastudoval značné množství literatury, vybral nástroje pro řešení a vytvořil aplikaci, jejíž činnost je možné zhodnotit pouze na základě jednoho přiloženého videa. Tuto realizaci je možné považovat za vlastní práci studenta. Bohužel, ne vždy dokázal svoji práci kvalitně popsat, anebo prezentovat na přiloženém DVD. Na přiloženém DVD jsou zdrojové texty, není zde ale projekt, ani knihovny se kterými je potřebné sestavit program. Zdrojové texty nejsou popsané ani komentované. V rozšířeném abstraktu píše, že nasnímal velké množství dat, ale na DVD je celkově pouze 8MB dat včetně zdrojových textů. K prezentaci vlastní práce a výsledků je zde pouze jedna video sekvence ve třech stádiích detekce - ovšem bez bližšího popisu. Předložená práce svědčí o bakalářských schopnostech studenta.
eVSKP id 134848