BARTOŇ, V. Numerické reprezentace proteinových sekvencí pro klasifikaci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Předložená bakalářská práce je vypracována na 31 stranách textu od úvodu po závěr, přičemž popis vlastního řešení a výsledků práce zaujímá 10 stran a dalších 14 stran příloh výsledků. Práce obsahuje celkem 28 odkazů na literární zdroje, přičemž jde převážně o odbornou cizojazyčnou literaturu. Po formální stránce je práce na dobré úrovni, vytkla bych však, že seznam literárních zdrojů je umístěn za přílohami a zbytečně velký font v obrázcích 4.3 až 4.5. Při řešení práce projevil student vlastní iniciativu a pracoval převážně samostatně. Student realizoval v Matlabu většinu numerických reprezentací proteinových sekvencí, které popisuje v teoretické části práce, a některé z nich následně použil k testování vhodnosti těchto reprezentací a různých metrik distancí pro účely konstrukce fylogramů. Testování proběhlo na rozsáhlém souboru 13 mitochondriálně kódovaných proteinů 2410 obratlovců. Vytkla bych použití dvou různých metod (UPGMA a Neighbour-joining) konstrukce stromů, které se porovnávají. Diskuze výsledků je poněkud stručná. Zadání práce bylo splněno a práci hodnotím 85 body.
Student Vojtěch Bartoň se ve své bakalářské práci zaměřil na problematiku klasifikace proteomických sekvencí na základě vzájemné podobnosti jejich numerických reprezentací. Vypracoval kvalitní literární rešerši numerických reprezentací pro proteinové sekvence a nad rámec zadání všechny metody konverze programově realizoval. Po formální stránce je předložená práce na velmi dobré úrovni. Navržená metodika testování je robustní a podložená velkým množstvím dat. Po odborné stránce je však v práci několik nedostatků snižující úroveň práce. Rozbor proteomických dat považuji za příliš stručný, např. vzhledem k použití mitochondriálních genů by bylo vhodné popsat specifika mitochondriálního genetického kódu. Popis metodiky klasifikace je místy nedostatečný, např. způsob převzorkování nestejně dlouhých signálů. Rovnice v práci nemají v textu popsané použité symboly. Některé použité metody v práci jsou popsány jen s odkazem na funkci v Matlabu bez vysvětlení o jakou metodu jde nebo jak pracuje. To vede k pochybení ve vyhodnocení neshody mezi výsledky klasifikace, kde pro symbolickou reprezentaci je použita metoda BIONJ a pro numerickou formu metoda UPGMA. Na závěr student nevyhodnocuje, která numerická reprezentace je nejvhodnější ke klasifikaci, jak by se dalo čekat vzhledem k zadání práce, ale který z použitých genů nejvěrněji popisuje fylogenezi organismů. To, vzhledem k dosaženým výsledkům 70% a větší odlišnosti získaných stromů vůči referenci, považuji za nepodložené. Seznam referencí je nestandardně uveden až za přílohami a neodpovídá citační normě.
eVSKP id 93475