VYSOUDIL, L. Vzájemná podobnost sekvencí aminokyselin různých organismů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Student Ladislav Vysoudil ve své práci navrhl vlastní přístup pro porovnávání proteomických sekvencí. Podrobně popsal a v programovém prostředí Matlab realizoval svůj algoritmus založený na detekci společných úseků v bodovém diagramu pomocí Houghovy transformace. Výsledné testování algoritmu na blíže neupřesněných typech sekvencí je ovšem nedostatečné. Zpracování výsledků je nepřehledné a to zejména u grafické reprezentace výstupu, kde je nevhodně zvoleno barevné kódování úseků bez bližšího vysvětlení. Přiložený program je neodladěný, s nezanedbatelnými nedostatky a bez uživatelského rozhraní. Rovněž práce s literaturou je na diplomovou práci nedostatečná. Po formální stránce je práce na dobré úrovni jen s nízkou kvalitou obrazové části dokumentace. Přes uvedené nedostatky bylo zadání práce v zásadě splněno a doporučuji práci k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění zadání | C | 35/50 | |
| Aktivita během řešení a zpracování práce (práce s literaturou, využívání konzultací, atd.) | D | 12/20 | |
| Formální zpracování práce | C | 15/20 | |
| Využití literatury | F | 4/10 |
Student Ladislav Vysoudil se věnoval zajímavé a perspektivní problematice porovnávání biologických sekvencí a stanovení míry jejich podobností. Podle zadání se zaměřil na sekvence aminokyselin vyjadřujících proteiny. Prostudoval známé a používané metody zarovnávání a stručně je popsal. Navrhl vlastní způsob stanovení míry podobnosti sekvencí založený na velmi jednoduchém principu bodových matic a jejich analýzy Houghovou transformací. Sestavil příslušnou programovou jednotku pro realizaci příslušného algoritmu. Vše realizoval v prostředí Matlab. Vytvořený algoritmus byl ověřen na standardních datech z dostupných databází a výsledky byly dostatečně popsány a diskutovány. Vlastní práci lze vytknout poněkud méně srozumitelný popis. Kapitoly 2 a 3 obsahující teoretický rozbor sice obsahují všechny potřebné informace týkající se problematiky předložené práce; jejich popis je však místy nesystematický a občas zmatený. Text také trpí řadou překlepů, např. "Pathologie" (správně patologie), "terciální" (správně terciární), a také řadou nepřesných formulací, např. "Proteinům se pak definuje pořadí aminokyselin", "Mutace, tedy změna aminokyseliny v sekvenci", které jsou často beze smyslu. Některé překlady z angličtiny nejsou přesné, např. "alignment" je v bioinformatice správně "zarovnání", nikoliv "přiřazení", namísto "score" je vhodné použít české "skóre". Vyskytují se i novotvary, např. "nepár" ve smyslu "nesouhlasný pár". Práce má přes uvedené výhrady svoji hodnotu a dosažené výsledky jsou akceptovatelné. Student splnil zadání a dosáhl vytčených cílů. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou C.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Formální zpracování práce | B | 8/10 | |
| Splnění požadavků zadání | A | 18/20 | |
| Odborná úroveň práce | C | 35/50 | |
| Interpretace výsledků a jejich diskuse | C | 15/20 |
eVSKP id 34243