KREJČÍ, L. Koregistrace DKI MRI dat s vysokou mírou difuzního vážení [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Bakalářská práce se řeší poměrně komplikované, specifické, aktuální téma. Difůzně váhovaná data s různou mírou váhování, vhodná pro DKI jsou zatím využívána výhradně pro vědecké účely. Student prokázal dobré znalosti i schopnost samostatně pracovat s odbornou vědeckou literaturou. Pro realizaci si musel nainstalovat otestovat a naučit se zacházet s řadou programových nástrojů (AFNI, SPM, Elastix, ITK, 3D Slicer, FSL, Multidimensional diffusion MRI toolbox a další, pracujících pod různými operačními systémy (WIN, Linux) v různých prostředích (MATLAB, Python), určenými primárně pro vědecké použití. Práce je vhodně členěná do kapitol a poměrně srozumitelně napsaná. Práci se student věnoval se střídavou intenzitou, která vrcholila s blížícím se termínem odevzdání. Z toho důvodu zůstalo v práci nezanedbatelné množství nepřesností, nedodělků i mírné nedostatky v citacích. Nepochybuji, že je uvedena veškerá použitá literatura, nicméně u několika odstavců nejsou pravděpodobně uvedeny všechny zdroje. V praktické části student provedl preprocesing (vč. koregistrace jedn. diff. váhovaných obrazů) DWI testovacího datasetu několika různými metodami znichž nejpodstatnější jsou FSL eddy a CHARMED, na základě nastudované literatury navrhl a otestoval metody kotroly kvality registrace, z nichž za zmínku stojí využití podobnosti kontrastu FA map počítaných z obrazů s nižším, resp. vysokým difůzním váhováním (b-hodnotou), následné vzájemné koregistraci FA a porovnání transformačních matic. V závěru správně zhodnotil, že mezi metodami v sočasné době mezi FSL a CHARMED přístupem není velký rozdíl, protože v době od zadání diplomové práce byly do FSL (v6.x) implementovány nové algoritmy, které více berou v potaz rozdílný kontrast obrazů s vysokým a nízkým difůzním váhováním. Je možné, že by se příp, rozdíl mezi jednotlivými přístupy projevil při extrémnějších hodnotách b (např. 5000s mm2), které ještě neměl student k dispozici. Student splnil zadání.
Předložená práce se zabývá difuzně váženými MRI daty a postupem pro automatické i subjektivní hodnocená kvality koregistrace dat. První část práce je věnována popisu práce s difuzně váženými MRI daty, včetně existujících softwarových nástrojů. V praktické části se student zabývá postupem pro vyhodnocení kvality koregistrace s využitím publikovaného postupu, který je založen na poznatku, že frakční anizotropie s měnícími hodnotami b zůstává u difuzních MRI dat podobná. Student prezentované kvantitativní i subjektivní postupy aplikoval na dodaná data a výsledky zhodnotil. Práce je psána většinou logicky a provázaně. V některých místech ale obsahuje gramatické chyby, neúplné věty a faktické nepřesnosti. Tyto chyby nebrání porozumění textu, působí ale místy rušivě. Například by bylo vhodnější sjednotit používání termínu „difuzní“ a nepoužívat i v jedné větě „difůzních parametrů“ i „difuzního vážení“, dále v rovnici 1.14 je místo „=“´uvedeno „+“. Největší slabinou práce je používání citací. U velké části obrázků, evidentně převzatých z literatury, citace chybí. Dále chybí citace u velké části rovnic. Některé kapitoly a tvrzení by si také zasloužily doplnění o zdroje informací, například tvrzení v kapitole 1.6, že pro správnou registraci medicínských obrazů stoupá na popularitě použití globálních metod. Praktická část práce byla v podstatě splněna, pro využitelnost výsledků v praxi, tedy pro stovky datasetů difuzních dat, by se ještě hodilo specifikovat kritérium, pomocí kterého by bylo okamžitě snadné zjistit, zda koregistrace proběhla správně či ne. K této problematice směřuje i jedna z otázek. Zadání práce bylo splněno, v práci se ale vyskytují chyby odborného i formálního charakteru. Hodnotím proto práci známkou C, 75 bodů.
eVSKP id 129935