LEBÓ, M. Predikce replikačního počátku v prokaryotních genomech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Student Marko Lebó se své práci zabývá velmi zajímavou problematikou predikce replikačních počátků v prokaryotních genomech. Ve velmi kvalitní literární rešerši nejprve shrnuje biologickou podstatu replikace DNA, a to včetně rozdílů mezi doménami Bacteria a Archea, dále popisuje různé typy numerických reprezentací DNA a shrnuje dostupné nástroje pro predikci oriC. V praktické části pak navrhl a v jazyce R/Bioconductor realizoval vlastní nástroj pro predikci oriC, založený čistě na metodách číslicového zpracování genomických signálů. Díky poznatkům shrnutým v rešeršní části práce student správně vyhodnotil, že nelze navrhnout obecný nástroj pro všechny prokaryotní organismy a zaměřil se pouze na genomy organizmů z domény Bacteria. Funkčnost vlastního přístupu otestoval na velkém souboru dat, čítajícím 100 genomů. Nepodařilo se mu sice dosáhnout tak dobrých výsledků jako u dnes nejpokročilejšího nástroje Ori-Finder, i tak se ovšem jedná o velmi zajímavou alternativu k tomuto nástroji, jelikož nepotřebuje dodatečné uživatelské vstupy a je tak uživatelsky přívětivější. Vlastní nástroj, pojmenovaný FindOri, navíc umístil na veřejný portál GitHub, kde je dostupný široké bioinformatické komunitě a je možné jej stáhnout a nainstalovat včetně kompletní dokumentace přímo do prostředí R jediným příkazem install.github. Po odborné stránce tak mohu pouze vytknout formu statistického vyhodnocení, kdy jsou jednotlivé hodnocené parametry zmíněné pouze v textu, bylo by však lepší, kdyby byly v samostatné tabulce. Zadání práce student splnil bezezbytku a na vynikající úrovni, a to i díky faktu, že průběžné výsledky konzultoval pravidelně každý týden po celý akademický rok. Moje výtky tak směřují především k formálním aspektům práce. Práce sice obsahuje pouze malé množství překlepů, ve finální odevzdané verzi se však objevilo několik chyb, které zbytečně shazují jinak vysokou kvalitu práce. Jedná se především o špatně definované obrázky, které se ve finálním pdf duplikovali i do odkazů na obrázky. Následkem toho je třeba str. 12 práce tvořena nesmyslně odkazy na obrázky, které jsou duplikacemi obrázků na předcházející a následující straně. Tato chyba se opakuje v práci ještě několikrát, stejně jako nenalezené odkazy na některé kapitoly, či chyby v rovnici (9). Vzhledem k tomu, že student práci konzultoval průběžně, tak musím podotknout, že v poslední průběžné verzi práce, kterou jsem kontroloval den před odevzdáním, se žádný z těchto problémů nevyskytoval. Poslední výtku mám pak tomu, že v samotné práci není odkaz na stažení balíčku funkcí umístěného na GitHub, který je až v readme souboru na přiloženém CD. Uvedené nedostatky jsou tedy spíše formálního charakteru a vznikli až špatným exportem textu do formátu pdf těsně před odevzdáním. Proto práci doporučuji k obhajobě a hodnotím jako výbornou.
Předložená bakalářská práce studenta Marka Lebó se zabývá predikcí replikačních počátků u prokaryot, což je v oblasti bioinformatiky stále aktuální a nedořešené téma. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni. Především bych vytkla, že obrázky 6, 7 a 14 jsou zobrazeny 2x, což bylo způsobeno špatným použitím křížových odkazů, také kvalita některých obrázků v teoretické části není dobrá. Dále vrcholy v signálových reprezentací genomů označuje student anglických slovem peak. Oceňuji však dobrou práci s cizojazyčnou odbornou literaturou, použitých zdrojů je celkem 27. Odborná úroveň práce je taktéž dobrá, avšak v popisu numerických reprezentací DNA sekvencí mi přijde nadbytečný popis metod, u kterých student hned uvádí, že se pro použití k predikci replikačních počátků nehodí. Student vytvořil knihovnu funkcí v programovacím jazyce R pro predikci replikačních počátků prokaryot a otestoval je na 100 genomech. Nikde v práci ani v elektronické příloze jsem nenašla seznam, o které genomy se jednalo. Z testování svých funkcí student vyhodnotil senzitivitu, specificitu, prediktivitu a přesnost. Jako referenční použil student výsledky zatím nejlepšího predikčního softwaru Ori-Finder. Realizovaný nástroj sice nedosahuje kvalit referenčního nástroje, ale z hledika bakalářské práce považuji výsledky za hodnotné a především vytvořený nástroj je cenným příspěvkem do databáze volně dostupných softwarů Github. Práci hodnotím 88 body.
eVSKP id 93491