Posudky závěrečné kvalifikační práce

Posudek vedoucího

Krouská, Jitka

Studentka Maryia Piletskaya zpracovala diplomovou práci na téma, které zapadá do jedné velké oblasti výzkumu a několika projektů řešených na FCH VUT v Brně týkající se produkce a charakterizace polyhydroxyalkanoátů (PHA). Výsledky získané v experimentální části této diplomové práce poskytují informace o chování bakteriálního kmene Rhodospirillum rubrum v přítomnosti různých substrátů a za různého stupně aerace média z mikrokalorimetrického pohledu. Je to zatím ne zcela konvenční metoda pro tento typ experimentů, nicméně se ukazuje, že ji lze s úspěchem využít pro popis růstových křivek mikroorganismů různého typu. Diplomantka získala ucelený soubor experimentálních dat nejen z mikrokalorimetrie, ale věnovala se také několika dalším standardně používaným technikám při charakterizaci PHA. Chválím pečlivost a svědomitost studentky jak při experimentální činnosti, tak při sepisování textové části diplomové práce. Splnila všechny body jejího zadání. Diplomantka projevovala velký zájem o téma a vždy byla na konzultace s vedoucí práce i konzultantkou výborně připravena. Její diplomovou práci doporučuji k obhajobě s hodnocením „výborně“ (A).

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Splnění požadavků zadání	A
Studium literatury a její zpracování	A
Využití poznatků z literatury	A
Kvalita zpracování výsledků	A
Interpretace výsledků, jejich diskuse	A
Závěry práce a jejich formulace	A
Využívání konzultací při řešení práce	A
Celkový přístup k řešení úkolů	A

Navrhovaná známka: A

Posudek oponenta

Sedláček, Petr

Bc. Maryia Piletskaya se ve své diplomové práci zaměřila na využití mikrokalorimetrie při sledování růstu bakterie Rhodospirillum rubrum. Toto netradiční spojení fyzikálně-chemické metodiky s mikrobiologickou problematikou je ukázkovým příkladem moderního interdisciplinárního vědeckého přístupu a velmi dobře koresponduje se zaměřením studijního programu autorky práce. Práce má standardní rozsah (42 stran textu bez biobliografie, příloh a formálních částí), je psána čtivou a srozumitelnou formou, která je pouze na několika málo místech narušena použitím otrocky přeložených výrazů (např. „fotosyntetické zařízení“, „elektron-transportní obvod dýchání“), což čtenář autorce, která není rodilým mluvčím, jistě rád odpustí. V úvodní části práce studentka jednoznačně prokázala schopnost práce s kvalitními literárními zdroji (celkem 79, s výraznou převahou časopiseckých publikací), díky čemuž dala vznik zajímavému, srozumitelnému a informačně bohatému textu. K této části práce bych si dovolil jedinou formální připomínku – domnívám se, že u obr. 2 na str. 11 chybí logaritmická škála osy y (počty buněk uvedené na ose nejsou ve smysluplném rozsahu). Vlastní experimentální náplň práce zahrnuje množství experimentů, které dle mého názoru bezezbytku naplňuje očekávání kladená na diplomovou práci. Výsledky jsou diskutovány věcně, srozumitelně a jsou formulovány jasné a logické závěry (s drobnou polemikou k jednomu z nich – viz otázka č.1). Tato část práce bezesporu přinesla cenné poznatky metodologické (např. vhodný objem kultury při mikrokalorimetrickém měření) i biotechnologické (např. nalezení optimálního kultivačního média). Předložená diplomová práce dle mého názoru představuje velmi kvalitní absolventskou práci. Bc. Maryia Piletskaya prokázala schopnost zorientovat se v náročné mezioborové problematice, shromáždila významné množství originálních experimentálních dat, která dokázala relevantně interpretovat. Předloženou práci proto doporučuji k obhajobě s hodnocením „Výborně (A)“.

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Splnění požadavků zadání	A
Logické členění práce	A
Kvalita zpracování výsledků	A
Interpretace výsledků, jejich diskuse	A
Využití literatury a její citace	A
Úroveň jazykového zpracování	B
Formální úroveň práce – celkový dojem	A
Závěry práce a jejich formulace	A

Navrhovaná známka: A

Otázky

Autorka shrnuje výsledky experimentu zaměřeného na osmotický stres kultivovaných buněk konstatováním, že „bakterie kultivované na acetátu produkovaly více tepla, a také byly schopny žit o něco déle“ (str. 46). Z jakých konkrétních rysů odpovídajících termogramů (pokud se v úvahu berou všechna opakování experimentu) toto usuzuje?
Jak si autorka vysvětluje odlišnou podobu termogramů stanovených v rámci experimentu zaměřeného na osmotický stres kultivovaných buněk pro kontrolní vzorky (acetát resp. hexanoát bez přídavku NaCl) s odpovídajícími termogramy zaznamenanými v rámci optimalizace substrátu? Jak si vysvětluje chybějící nárůst tepelného toku s časem u těchto vzorků v rámci "osmotického" experimentu?
Proč byl „osmotický“ experiment ukončen tak brzy? Nemohla být v důsledku expozice osmotickému stresu prodloužena lag-fáze růstu buněk mimo časový rámec experimentu?
Může autorka diskutovat principiální rozdíly mezi dvěma realizovanými kultivačními přístupy (v mikrokalorimetru resp. v destičce na ELISA analyzátoru)? Nakolik jsou výsledky obou metod porovnatelné? Kdyby měla autorka navrhnout kultivační proceduru pro stanovení růstové křivky (např. prostřednictvím měření OD), které by dle jejího názoru nejlépe korespondovala s kultivací v mikrokalorimetru, jak by takový experiment vypadal? Jaké další analýzy by v rámci této referenční kultivace doporučila, aby bylo možné co nejsprávněji interpretovat výsledky stanovené mikrokalorimetricky?