PEŘINOVÁ, B. Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Studentka Barbora Peřinová vypracovala kvalitní bakalářskou práci. Během semestru pravidelně konzultovala, k řešení práce přistupovala zodpovědně a iniciativně. Z formálního hlediska je práce velmi dobrá s minimem chyb. Studentka nastudovala množství především cizojazyčné odborné literatury a zdroje správně cituje. Všechny body zadání byly splněny. Rešerše metod pro vyhledávání transkripčních metod je dostatečná a srozumitelně zpracovaná. Jednu z metod si studentka vybrala k vlastní realizaci, která byla úspěšná. Popis vlastní realizace je značně podrobný, včetně pseudokódu a vývojového diagramu. Algoritmus byl nejprve otestován na umělých datech a pak na reálných sekvencích kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Výsledky jsou uvedeny přehledně a diskutovány s výsledky autorů metody na stejných datech.
Studentka Barbora Peřinová se ve své práci zaměřila na metody vyhledávání transkripčních motivů v sekvencích DNA. K tomuto tématu vypracovala přehlednou literární rešerši, což dokládá poměrně obsáhlý seznam 22 kvalitních, převážně zahraničních referencí. V programovém prostředí Matlab realizovala metodu Oligo-Analysis založenou na vyhledání opakujících se nukleotidových slov, řádně ji otestovala na umělých i reálných datech a srovnala dosažené výsledky s výsledky autorů této metody. V práci však postrádám srovnání dosažených výsledků s výsledky jiných metod, které jsou často dostupné i jako online nástroje. Předložená práce je po formální i odborné stránce na velmi dobré úrovni. Vytýkám jen místy příliš obsáhlý popis triviálních funkcí sloužících např. pro načtení sekvencí nebo vytvoření komplementárního řetězce.
eVSKP id 84375