ŠÁLEK, P. Studium reverzibilní adsorpce nukleových kyselin na magnetických nosičích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2008.

Posudek vedoucího

Rittich, Bohuslav

Student Petr Šálek vypracoval diplomovou práci "Studium reverzibilní adsorpce nukleových kyselin na magnetických nosičích". Při řešení problematiky zvládl řadu analytických a molekulárně biologických metod. K řešení zadané problematiky přistupoval velmi odpovědně a s velkým pracovním nasazením. Problémy, vznikající během experimentální práce, řešil po vzájemných konzultacích tvůrčím způsobem. Výsledky jsou hodnoceny věcně a závěry jsou formulovány správně. Vzhledem k tomu, že část problematiky byla zcela nová musím ocenit přínos studenta při vypracovávání diplomové práce. Část výsledků byla prezentována ve formě plakátových sdělení na dvou konferencích. Dosažené výsledky jsou vynikajícím příspěvkem v uvedené problematice a podkladem pro další experimentální práci.

Posudek oponenta

Ing.Daniel Horák, CSc.

Předložená práce představuje velmi zajímavý příspěvek k aktuální problematice identifikace bakteriálních kultur v mléčných výrobcích. Autor nejprve na modelových systémech optimalizoval jak koncentraci, tak i molekulovou hmotnost polyethylenglykolu, jehož přítomnost je při izolaci DNA na magnetických methakrylátových mikročásticích nesoucích karboxylové skupiny nezbytná. Posléze magneticky izoloval DNA z hrubých lyzátů buněk kultury Lactobacilus paracasei a z tekutých mléčných výrobků i tvrdého sýra. Autor zjistil, že ve vzorku sýra se předpokládaný druh Bifidobacterium longum nevyskytoval, což potvrdil analýzou DNA izolovanou fenolovou extrakcí. Současně ověřil možnost použití dvoufázového systému k adsorpci kondenzované DNA na magnetické částice. Magnetickou separací DNA eliminoval vliv inhibitorů PCR, což zvýšilo citlivost stanovení. Výhodou magnetické separace DNA je především její jednoduchost a rychlost i možnost opakovaného použití nosiče. Teoretická část je zpracována přehledně, zejména jsou dobře popsány druhy bifidobakterií, kterých se práce týká, i metody použité k jejich stanovení. Mám připomínky k formálnímu zpracování práce. Číslování kapitol v obsahu by mělo souhlasit s číslováním v textu. Není správné používat zkratky, aniž jsou vysvětleny hned při první zmínce, např. v abstraktu PEG, P(HEMA-co-GMA). V textu by rovněž bylo vhodné dodržovat posloupnost citací, např. na str. 15 by po citaci č. 10 měla následovat citace č. 11, která je uvedena až na str. 21. Jsou-li v textu zmiňováni autoři Watson a Crick (str. 10), měla by následovat citace. Podobně u Mullise na str. 16. Citaci Dubernet et al. na str. 32 je vhodné řešit formou odkazu. Podobně i Matsuki et al. na str. 33 a opakovaně na str. 34; Kok et al. na str. 35. V seznamu literatury lze doporučit jednotné psaní velkých a malých písmen v názvech článků či kapitol knih, u kterých je psáno 1. vydání (ref. 3), jinde 2nd edition (ref. 5, 7, 8) či 3rd ed. (ref. 4), i jednotný formát citací (ref. 18 a 24). Citace 6 a 33 jsou nedostatečně specifikovány, u citací 28 a 33 chybí správná zkratka časopisu. Z dalších připomínek bych zmínil doporučení nepoužívat výrazy jako je molekulární váha (str. 21) a váh.% (tab. 3-5), ale molekulární hmotnost a hm.%. Navíc se při sepisování autor nevyhnul některým překlepům a nedopatřením. Stupeň polymerizace PEG (str. 22) je správně nahradit stupněm polymerizace ethylenglykolu, nebo molekulární hmotností polyethylenglykolu. Z textu nebyly vypuštěny některé pracovní poznámky (str. 58), rovněž text v druhém a třetím odstavci na str. 59 zasluhuje opravit. Autora bych se rád zeptal na vysvětlení pojmu teplota Ta (str. 17). Dále, co si představuje pod pojmem "nosič ve formě kolonky" (str. 22). Závěrem rád zdůrazňuji, že výše uvedené formální připomínky nejsou zásadní a nesnižují vysokou kvalitu a originalitu odvedené práce, která přináší nové poznatky. Diplomant tvůrčím způsobem skloubil poznatky mikrobiologie, molekulární biologie i chemie. Práce je napsána srozumitelně, interpretace výsledků je tvůrčí. Žádné věcné připomínky jsem neobjevil.

eVSKP id 2772