BOUDOVÁ, M. Segmentace buněk ve snímcích z vysokorychlostní digitální kamery [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.
Tématem bakalářské práce byla segmentace buněk v mikroskopických obrazových datech. Studentka se v první části řešení práce věnovala studiu metod snímání mikroskopických obrazů a obecným metodám segmentace se zaměřením na segmentaci buněčných struktur. Rešerše na téma použití metod zpracování obrazu pro účely segmentace buněk v mikroskopických obrazech však mohla být provedena detailněji. Mohlo být zmíněno a citováno více aktuálních prací zabývajících se daným tématem. Rozsah teoretické části (přibližně 36 stran) ale dokládá, že si studentka nastudovala široké množství základních metod a potřebné teoretické základy vhodně prezentovala. V rámci praktické části studentka vyzkoušela různé metody segmentace obrazu a jejich modifikace a otestovala je na dostupných mikroskopických datech. Získané výsledky studentka ve své práci podrobně diskutuje. Bylo by vhodné testování provést na rozsáhlejším souboru dat. Ten však studentka neměla k dispozici. Po formální stránce je práce na dobré úrovni. Text obsahuje minimum překlepů a pravopisných chyb. V průběhu řešení byla studentka aktivní, docházela na konzultace a konstruktivně přistupovala k řešení dílčích problémů. Zadání práce považuji za splněné. Hodnocení: A (90 b.)
Studentka se v rešerši obecně zabývá mikroskopickými metodami a metodami segmentace obrazů. Ačkoli je rešerše rozsáhlá, je zaměřena z velké části na přehled obrazových segmentačních metod. Zcela chybí pohled na aktuální postupy detekce a segmentace uplatňované v buněčných obrazech. Rešerše je málo citovaná, pouze několika opakujícími se zdroji literatury. Mikroskopickými metodami se studentka zabývá velice stručně. Jde o strohý přehled, kde se některými typy mikroskopie zabývá zbytečně (např. elektronovou mikroskopií). Studentka se raději měla detailněji zaměřit na typy mikroskopie používaných pro získání videosekvencí uplatňovaných v práci a metodami snímání mikroskopických obrazů. Kapitola zabývající se zdrojovými daty je velice krátká. Obsahuje pouze pojmenování zdrojových dat, rozlišení snímků, frame rate a ukázku prvního snímku. Chybí mnohé detaily, např. délka záznamů. Studentka zde chybně tvrdí, že záznam bunka2 byl pořízen metodou AFM. Přitom jde o záznam optickou kamerou. V další, praktické části, je uplatněna celá skupina segmentačních metod popsaných v úvodní části na jednotlivé obrazy buněk. Jedná se o ukázky buněk po provedené segmentaci. Vybrané metody pak byly uplatněny na celé videozáznamy a u těchto dat vyhodnocena frekvence tepání buňky. Hodnocení kontraktility v této části je prezentováno s řadou nedostatků. V některých případech studentka hodnotí vzdálenost konců, ale není jasné, v jakých jednotkách je y-osa. V jiných případech je x-osa popsána štítkem "snimek", pro lepší názornost měla místo počtu snímků obsahovat přepočet na čas. Grafy kontrakcí nejsou příliš kvalitně zobrazeny a obsahují kompresní artefaktry. Parametry nastavení užité v obrazovém předzpracování, v segmentaci a analýze obrazů z videosekvencí nejsou v práci vůbec zmiňovány. Nastavení by tak mělo být patrné až při pohledu na zdrojové kódy, které jsou však vypracovány bez popisu, dokumentace a nejsou vhodně strukturované a dostatečně čitelné. Obsahují jen nešikovné komentáře, např. cituji: "%do komplementu se vnutí minima z ~bunka3 a maska, ostatní p?vodní regionalni oblasti minim už nebudou minima". Práci tak po odborné stránce hodnotím jako mírně podprůměrnou. Na druhé straně se jedná o práci studentky bakalářského studia, kde znalosti pro obrazové zpracování musela získat většinou sama. Přitom při předzpracování a zpracování snímků otestovala řadu různorodých metod. Práce je dobře strukturovaná, po formální a jazykové stránce na dobré úrovni a zadání lze považovat za splněné. Práci tak i přes výše zmíněné nemalé nedostatky doporučuji k obhajobě se stupněm C.
eVSKP id 118329