KREMPASKÁ, V. Analýza přítomonsti probiotických baktérií v mléčných potravinových výrobcích pomocí techniky PCR [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2022.

Posudek vedoucího

Smetana, Jan

Studentka Vladimíra Krempaská se ve své bakalářské práci zabývala identifikací probiotických mikroorganismů v komerčně dostupných mléčných potravinových výrobcích pomocí metody polymerázové řetězové reakce (PCR). V rámci teoretické přípravy provedla studentka literární rešerši dané problematiky a seznámila se se základními metodikami a technikami molekulární biologie. Praktická část práce zahrnovala přípravu biologického materiálu z mléčných výrobků, přípravu a kultivaci vlastní probiotické kultury jako pozitivní kontroly pro PCR experimenty, osvojení různých metod extrakce mikrobiální DNA, kontrolu kvalita a kvantity DNA a přípravu a vyhodnocení výsledků vlastních PCR experimentů. Studentka se od počátečního stadia zapojila do návrhu a přípravy experimentů. V laboratoři si velmi brzy úspěšně osvojila práci s metodami molekulární biologie a sama byla schopna na základě nově nabytých teoretických poznatků aktualizovat a modifikovat standardní protokoly pro přípravu hrubých lyzátů, extrakci DNA fenol-chloroformem nebo PCR protokoly pro amplifikaci DNA jednotlivých probiotických mikroorganismů nezbytných pro úspěšné zvadnutí jejího tématu. V průběhu experimentální části studentka samostatně interpretovala získaná data, ze kterých vyvozovala vždy logické závěry. Konzultace studentka využívala pravidelně a bylo proto snadné pozorovat progres, s jakým pokračuje její experimentální činnost v laboratoři, vyhodnocování naměřených dat a sepisování této bakalářské práce. Po zapracování v laboratoři byla studentka rovněž schopná nad rámec zadání práce pracovat se studenty pracujícími v laboratořích FCH v rámci středoškolské odborné činnosti (SOČ) a svým pohledem jim zprostředkovat práci v molekulárně biologické laboratoři, což také částečně vypovídá o schopnosti studentky samostatně pracovat a orientovat se v problematice. Své získané výsledky byla studentka schopna vhodně komentovat v závěrečné diskuzi, ze které je zřejmé, že jsou ve shodě s dosud publikovanou literaturou a známými poznatky z daného tématu. Celkově působí práce uceleným a kvalitním dojem, který věrně odráží erudici studentky v daném tématu. Závěrem lze konstatovat, že studentka splnila všechny náležitosti kladené pro bakalářskou práci a proto ji doporučuji k obhajobě s hodnocením „výborně (A)“.

Posudek oponenta

Fialová, Lenka

Bakalářská práce Vladimíry Krempaské je zaměřena na ověření přítomnosti vybraných bakterií mléčného kvašení v komerčních mléčných výrobcích. Autorka využila celkem osmdesát osm literárních zdrojů, z drtivé většiny anglicky psané odborné články a monografie. Teoretická část práce téměř neobsahuje věcné chyby, výjimkou je použití názvu „fluorescenční sonda“ pro barvivo SYBR Green na stranách 18 a 19. Po vizuální stránce působí práce úpravně, tabulky jsou přehledné a obrázky i grafy jsou dobře čitelné, a literární zdroje jsou většinou správně citovány – výjimkou je úvod, kde odkazy na literární zdroje chybí. Ke členění práce mám dvě připomínky: Kapitoly 2.5.1 – 2.5.5, zabývající se historií molekulárně biologických metod, izolací DNA, PCR a elektroforézou, by bylo vhodnější pojmout spíše jako části samostatné kapitoly o molekulárně biologických metodách, než jako části kapitoly pojednávající o metodách identifikace mikroorganismů. Hlavní kapitoly 5 (Výsledky) a 6 (Diskuse) mohly být sloučeny, jelikož jsou si velmi podobné obsahem. V rámci experimentální části práce autorka izolovala dvěma různými metodami DNA z několika sbírkových bakteriálních kmenů a ze čtyř komerčních mléčných výrobků. Po izolaci DNA následovalo měření její koncentrace a čistoty, a také ověření její intaktnosti pomocí agarózové gelové elektroforézy. Pomocí real-time PCR byla ve vzorcích ověřena přítomnost bakteriální DNA obecně a dále pak i přítomnost DNA náležející bakteriím rodů Lactobacillus a Bifidobacterium a bakteriálnímu kmeni Lactobacillus acidophilus. PCR směsi pro jednotlivé vzorky však mohly být připraveny alespoň ve dvou opakováních. Výsledky jsou prezentovány ve formě přehledných tabulek, grafů a elektroforeogramů, a jsou i slovně popsány. I když jsou občas použity nepříliš jasné formulace (např. „vysoká intenzita detekce“ u popisu elektroforeogramů), je z komentářů k výsledkům patrné, že autorka principům použitých metod rozumí. Více prostoru ovšem mohlo být věnováno interpretaci výsledků. V závěru práce chybí např. zhodnocení, který ze dvou vyzkoušených postupů je vhodnější pro izolaci DNA z komerčních mléčných výrobků za účelem identifikace mikroorganismů obsažených v těchto výrobcích, nebo vysvětlení, proč se liší hodnoty Ct u vzorků obsahujících DNA ze stejného vzorku o stejné koncentraci, ale izolovanou různými postupy. Přes výše zmíněné nedostatky byly cíle práce uvedené v zadání splněny, a proto ji doporučuji k obhajobě.

eVSKP id 139203