PETROVSKÝ, J. 3D analýza biologických vzorků pomocí elektronové mikroskopie s fokusovaným iontovým svazkem [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Diplomová práce pana Petrovského je věnována rozvoji pokročilé mikroskopické techniky FIB-SEM na biologických vzorcích s biotechnologickým významem. Cílem práce je optimalizace vhodných parametrů pro vytvoření 3D modelu bakterie Rubrum rhodospirillum, nasnímání kvalitního datasetu a samotná realizace modelu. V práci je vyzkoušeno několik různých nastavení mikroskopu a otestován jejich vliv na výsledný obraz. Prezentační úroveň odevzdané práce splňuje veškeré požadavky na diplomovou práci. Obsah teoretického úvodu je vhodně přizpůsoben tématu, srozumitelně jsou vysvětleny principy elektronové mikroskopie i postupy přípravy biologických preparátů. V experimentální části jsou velmi podrobně popsány jednotlivé kroky vedoucí k nasnímání datasetu. Formální úroveň je také velmi dobrá a přehledná, autor se snažil dodržovat terminologii, která je obvyklá v daném oboru. Je však nutné vzít v úvahu, že se jedná o poměrně nový a velmi rychle se rozvíjející výzkumnou oblast, kde je anglická terminologie silně dominantní a české ekvivalenty se hledají obtížně. Ráda bych ocenila pana Petrovského za práci s literaturou, velmi aktivně vyhledával informace týkající se problematiky v odborné literatuře, snažil se podle článků přizpůsobit parametry pro FIB-SEM měření, což přispělo k nalezení vhodných podmínek pro výsledný dataset. Metoda FIB-SEM pro biologické preparáty je pro naši laboratoř poměrně nová. Díky intenzivnímu nasazení pana Petrovského došlo k výraznému posunu v této oblasti. Kromě diplomové práce vypracoval i podrobný protokol, jak docílit nasnímání datasetu pro 3D model ze vzorku zalitého v epoxidové pryskyřici. Pan Petrovský se svou činností zapojil do řešení výzkumného projektu. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji 95 body.
Téma výzkumu je relevantní a odpovídá specializaci studenta. Jádrem práce je praktická část, která ukazuje možnosti využití FIB pro studium biologických vzorků a rekonstrukci jejich trojrozměrných modelů. Přesto, že je práce zaměřená na jednu metodu – FIB-SEM „průřez a zkoumání“, musel se autor seznámit s vlastnostmi přípravy biologických vzorků, principy fungování fokusovaného iontového svazku, elektronového mikroskopu a programů pro vytváření 3D obrázků. Práce obsahuje pět kapitol uspořádaných v logickém sledu od teorie a metodologie po experiment a analýzu. Úvod obsahuje informace potřebné pro pochopení problematiky a závěr je stručný a shrnuje výsledky práce. Co se designu týče, některé obrázky by si zasloužily lepší kvalitu. Například Obr 5.1 je spatně vidět, bylo by vhodné jej předělat nebo změnit na vektorový formát. Jeho popisky jsou špatně čitelné. Čtenář-laik by tak měl zásadní problém s pochopením. Téma studie je plně zveřejněné a všechny experimenty jsou popsány dostatečně podrobně, což autorovi pomohlo vyvodit rozumné závěry, a dokonce navrhnout další perspektivy studie. Práci doporučuji k obhajobě s hodnocením A („výborně“).
eVSKP id 150858