RUMLEROVÁ, T. Porovnání bakteriálních genomů získaných z druhé a třetí generace sekvenátorů. [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Studentka Tereza Rumlerová vypracovala bakalářskou práci na téma Porovnání bakteriálních genomů získaných z druhé a třetí generace sekvenátorů. Teoretická část práce se zabývá popisem sekvenačních technologií a možnostmi sestavování genomu. V praktické části studentka nejprve vyhodnotila kvalitu sekvenačních dat a pak jednotlivé genomy poskládala. Zde kladně hodnotím využití výpočetního gridového centra Metacentrum, s kterým se studentka naučila dobře pracovat. V následující části navrhla a implementovala metodiku pro porovnání stejných genomů bakterie Klebsiella pneumoniae, které byly sekvenovány pomocí dvou technologií (Illumina Miseq a Oxford Nanopore Technology MinION). Na závěr je provedena diskuze a vyhodnocení výsledků, kde studentka vhodně komentuje otázku kvality sekvenačních dat. Kladně hodnotím, že je kladena zvláštní pozornost na analýzu homopolymerních úseků, jejichž přesnost sekvenace pomocí platformy MinION je předmětem aktuálního výzkumu. Po formální stránce je práce na dobré úrovní s minimem překlepů a text je logicky členěn do jednotlivých kapitol. Studentka pracovala převážně samostatně, konzultace využívala minimálně. Zadání považuji za splněné, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm A/90 bodů.
Studentka Tereza Rumlerová se ve své bakalářské práci zaměřila na komparativní studii vlivu použitých sekvenačních technologií na strukturu zápisu bakteriálních genomů. Vzhledem k tomu, že využívala i data z nejmodernější sekvenační platformy 3. generace, jedná se o vysoce experimentální práci. Většina sekvenačních záznamů bylo natolik nekvalitních, že nemohly být úspěšně sestaveny do kompletních genomů, a navíc nemohly být sestaveny stejnými nástroji jako sekvenační data 2. generace. Získané výsledky jsou proto natolik ovlivněny vysokou mírou nespolehlivosti dané technologie, že závěry nejsou příliš průkazné. Přesto velmi kladně hodnotím navržený, prakticky implementovaný a otestovaný metodický postup pro tento typ komparativní analýzy, který nabízí velký potenciál pro budoucí srovnávací studie. Po odborné i formální stránce je práce na velmi dobré úrovni, vytýkám jen přílišné využívání automatických výstupů z nástrojů pro hodnocení kvality sekvenačních dat bez vlastní interpretace. Protože jsou data z jiných platforem prezentovaná zcela jinými grafy, jejich vzájemné srovnání je pro čtenáře velmi problematické. Práce s literaturou je na vysoké úrovni, vypracovaná literární rešerše je stručná, přehledná, dobře formulovaná a bez výraznějšího výskytu překlepů nebo gramatických nepřesností. Kvalitu rešerše dokládá i 38 převážně zahraničních zdrojů. Celkově vzhledem k náročnosti tématu a práci s experimentálními daty hodnotím práci i přes neprůkaznost výsledků jako výbornou stupněm A/90 bodů.
eVSKP id 134362