GUZMICKÁ, L. Analýza dat z difuzního zobrazování MR [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.
Studentka se ve své práci zabývala difuzním zobrazováním pomocí magnetické rezonance a jeho měřicími parametry. Seznámila se s obecnou problematikou magnetické rezonance, blíže se pak věnovala akvizici difuzních MRI dat. V další části práce studentka provedla rozsáhlou rešerši v oblasti zpracování dMRI dat, se zaměřením na zadané způsoby zobrazování. V rámci práce byly podrobně popsány parametry definující způsob akvizice dat, princip vzniku artefaktů a jejich korekce. Dále studentka provedla srovnání dostupných programových prostředí pro zpracovávání dMRI dat a z nich jako nejvhodnější vybrala knihovnu FSL, ve které následně zpracovala poskytnutá data. Studentka provedla voxelwise statistickou analýzu dat, pro jejíž realizaci využila metodu Tract-based spatial statistics (zkráceně TBSS). Výsledky této analýzy byly v závěru práce diskutovány. V práci chybí detailnější popis použité metody, nicméně výsledky analýzy jsou popsány dostatečně a studentka rozvedla i možnou klinickou interpretaci dosažených výsledků. Studentka byla v průběhu řešení práce velmi aktivní. Pravidelně docházela na konzultace a informovala mě o svém postupu. Samostatně si vyhledávala potřebnou odbornou literaturu, kterou pak v práci hojně využila. Oceňuji také schopnost rychle se zorientovat v poměrně obtížné problematice a především ne zcela uživatelsky přívětivé softwarové knihovně FSL. Úroveň práce zbytečně snižují formální chyby, například neaktualizované či přímo v textu chybějící odkazy na obrázky a tabulky, chybějící či naopak přebytečná interpunkce, špatná práce s pevnými mezerami a podobně. Stylistická úroveň práce spolu s výše uvedenými nedostatky výrazně zhoršují srozumitelnost textu práce. Poslední výtku mám k seznamu zkratek, který je graficky neucelený a zcela nepřehledný. I přes zmíněné výtky konstatuji, že zadání práce bylo splněno a navrhuji hodnocení C/72b.
Studentka Lea Guzmická vypracovala svoji bakalářskou práci na téma Analýza dat z difúzního zobrazování MR. Práce je členěna do sedmi kapitol na 48 stranách. V teoretické části práce je provedena rozsáhlá rešerše využití jevu magnetické rezonance (MR) pro lékařské zobrazování. Při popisu principu jevu MR se dopouští některých omylů – např. rozporuji, že jádra atomu vodíku vykonávají precesní pohyb; dále je uvedena aplikace RF pulzu ve směru B1, ale z obrázku 1.1 není patrný směr tohoto pulzu. V podkapitole 1.1.2 by mělo být odkazováno na Obr. 1.2. Popis relaxace by bylo vhodné doplnit Blochovými rovnicemi pro jednotlivé směry. V posledním odstavci na straně 6 je poprvé použit termín difúzní zobrazování spolu se sekvencí PGSE a další popis difúzních sekvencí je na straně 7. Tento popis předbíhá kapitolu 4 a zbytečně ztěžuje orientaci čtenáře v textu. Bez dostatečného vysvětlení jsou zde uvedeny sekvence EPI a GRE a také k-prostor. V kapitole 2 jsou popsány měřící parametry pro jednotlivé sekvence. I v tomto případě je text nepřehledný, kdy např. při popisu repetičního času (TR) je přidána informace o akvizici difúzního MRI u dětí bez jakékoli vazby na předchozí text. Problematiku v celé kapitole 2 by bylo vhodné doplnit obrázky, které by vysvětlení celé problematiky (TE, TR, gradienty, frekvenční a fázové kódování) vhodně doplnily. Kapitola 2.7 se týká difúzního zobrazování bez řádného uvedení (to je až v následujících kapitolách). Kapitolu 3 by bylo vhodné přidat do kapitoly 4. V této kapitole je popsán princip difúzního zobrazování se zaměřením na nejrůznější zobrazovanou informaci (výsledný parametr obrazu). Kapitola 5 popisuje artefakty MR zobrazování a možnosti jejich potlačení. V rámci této kapitoly jsou definovány další sekvence – SEMAC a MAVRIC pro korekce artefaktů. V kapitole 6 je uveden přehled a popis softwarových nástrojů pro zpracování d-MRI sekvencí. V rámci praktické části studentka zpracovala data 20 subjektů ve dvou skupinách. Popis zpracování dat – kapitola 7 – je značně nepřehledný. Např. v části "7.1 - data", je popsána obdobná studie, která je pro tuto kapitolu irelevantní a má smysl až v diskuzi výsledků. Z textu není jasné jaká pulzní sekvence byla použita. Podkapitolu 7.2 – standardní postup zpracování dat bych zařadil do teoretické, nikoli do praktické části práce. Stěžejní část práce, tedy popis vlastního zpracování dat je v kapitole 7.3. Vzhledem k velkému množství zkratek a na první pohled nic neříkajících jmen použitých funkcí je orientace v textu velice obtížná. Této kapitole by prospělo zavedení podkapitol a uvedení např. blokového schématu nebo vývojového diagramu. Uvedené výsledky jsou v souladu s ostatními publikovanými studiemi a jsou správně diskutovány. Po formální stránce je práce na podprůměrné úrovni, objevují se četné překlepy (např. Foucatovy proudy, a další). Některé symboly v rovnicích nejsou vysvětleny a vzhledem ke složitosti dané problematiky bych uvítal rozlišení mezi skalárními a vektorovými veličinami v použitých rovnicích. Práce cituje velké množství literárních zdrojů, ale citace jsou v textu místy pojaty hodně volně. Práce je doplněna seznamem zkratek, který ale není abecedně řazen, takže nalezení zkratky nebo termínu je obtížné. Některé informace jsou opakovány nebo nevhodně řazeny do kapitol. Studentka zpracovala práci na téma, které je z pohledu teoretického základu obtížně a nad rámec bakalářského stupně studia. V rámci praktické části práce aplikovala metody implementované v dostupných softwarových nástrojích. Vzhledem k uvedeným nedostatkům hodnotím práci známkou uspokojivě (D – 67 bodů) a přidávám otázky k obhajobě.
eVSKP id 102309