MORÁVKOVÁ, D. Identifikace variability v celogenomových sestaveních [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Studentka vypracovala balářskou práci zabývající se identifikací variabilních míst v sekvenačních datech treponemálních kmenů. Práce je vypracována na 30 stranách od úvodu po závěr. V teoretické části práce jsou popsány sekvenační technologie, způsoby mapování sekvenačních dat k referenčnímu genomu a variabilita v rámci genomu. Teoretická část práce je dobře strukturovaná a správně cituje relevantní literaturu. Kapitola věnující se variabilitě genomu by si zasloužila značné rozšíření, jelikož je pro práci stěžejní. V praktické části práce studentka popisuje postup identifikace variability u poskytnutých treponemálních genomů. Kapitola kontrola kvality postrádá zdroje pro některá tvrzení, případně popis zobrazených stavů. Mnohé formulace jsou značně kostrbaté a nepříliš srozumitelné. Při mapování a filtraci uvádí studentka nastavené parametry, jejich hodnoty by bylo vhodné lépe diskutovat a vysvětlit. Shrnutí výsledků je přehledně uvedeno v tabulce a prezentováno pomocí heatmap. Z identifikovaných variabilit byl sestrojen dendrogram/fylogram pomocí metody UPGMA. Popis tvorby dendrogramu není dostatečně popsán. Výsledky jsou popsány a diskutovány. K nalezeným závěrům by byla vhodná mnohem širší diskuze. Zadání práce považuji za splněné, nicméně z důvodů výše uvedených hodnotím práci stupněm D/60.
Studentka Dalena Morávková se ve své bakalářské práci zaměřila na způsoby vyhodnocení genetické variability v celogenomových sestaveních blízce příbuzných bakteriálních kmenů. Rozsah práce je přijatelných 29 stran od úvodu po závěr. Jedná se o znovu odevzdání přepracované verze původní práce. Oproti původní verzi došlo ke zlepšení kvality praktické části práce, kde je mnohem lépe popsána metodika zpracování sekvenačních dat, jejich obsah i vyhodnocení podobnosti sekvencí. Kladně hodnotím i doplnění dendrogramu pro znázornění vzájemné podobnosti sekvencí, vytýkám však nedostatečný popis jeho konstrukce a použité vzdálenostní metriky pro vyhodnocení. Na druhou stranu v práci došlo jen k minimálním změnám v teoretické části práce. Teoretická část práce je tak stále příliš obecná a oblasti potřebné k pochopení praktické části práce jako je genomová variabilita byly rozšířeny jen o jeden odstavec. V původní práci rovněž vytýkaná nedostatečně popsaná metodika Mapování genomu byla jen kosmeticky upravena nadpisem, přičemž algoritmy mapování k referenčnímu genomu stále schází a zbytečně zde uvedené algoritmy pro de novo sestavení, nejsou jednoznačně odlišeny a působí matoucím dojmem. Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni, seznam 38 použitých referencí je nadprůměrný, vytýkám jen neúplnou citaci databázového zdroje NCBI. Zejména kvůli uvedeným nedostatkům v teoretické části práce hodnotím práci pouze jako uspokojivou 60 body a doporučuji k obhajobě.
eVSKP id 146038