SLAVÍČEK, D. Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů. [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Student David Slavíček vypracoval bakalářskou práci na téma Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů. Teoretická část práce se zabývá popisem sekvenace, sestavováním genomu, typizací a shlukovacími metodami. Místy je rešerše poměrně krátká a zasluhovala by doplnit. V praktické části práce student provedl sestavení genomů bakterie Klebsiella pneumoniae včetně ohodnocení kvality dat. Následně pomocí algoritmu BLAST vyhledat core geny v sestavených genomech a na základě navrženého hodnocení vybral ty, které měly dostatečnou kvalitu. Pro jednotlivé genomy z jednotlivých technologií byly vypočteny matice vzdáleností a výsledky byly graficky zobrazeny pomocí minim spanning trees (MST) a dendrogramy, získanými na základě shlukovacích metod. Zde mi chybí popis, jakým způsobem byly MST vypočteny. V závěru práce student konstatuje, že MST genomy získané z různých platforem si navzájem neodpovídají, ale již nediskutuje, čím to může být způsobeno. V některých částech práce si tvrzení o podobnosti genomů vzájemně odporují. Zhodnocení výsledků nepovažuji za dostatečné. Po formální stránce je práce na nízké úrovní a obsahuje velké množství překlepů. Citace v seznamu literatury nejsou podle jednotného stylu. U některých obrázků chybí popisky os, či jsou osy špatně čitelné. Na tabulky 5.1 až 5.3 není v textu odkazováno. I přes uvedené výtky lze považovat zadání práce za splněné, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm D/60 bodů.
Student David Slavíček se ve své práci zabývá analýzou 6 bakterií pomocí přístupu cgMLST, kdy geny vyhledal použitím vlastního algoritmu implementovaného v jazyce python. Celá práce je minimalistická. Literární rešerše je velmi krátká, povrchní a čtenáře dostatečně neseznamuje s pojmy nutnými k pochopení práce. Namátkou třeba zcela zásadní pojem cgMLST je vysvětlen v podstatě jednou větou nebo mezi pouhými 3 zmíněnými genome assemblery chybí například i nástroj Flye, který student následně v praktické části použil. Podobně nedotažená je asi každá kapitola v rešeršní části práce. V práci je pouze jedna neočíslovaná rovnice. Přitom pro pochopení práce by bylo vhodné matematicky definovat mnohem více zcela zásadních věcí, třeba vzdálenostní matice. V praktické části práce zcela chybí jakákoliv informace o datech, která autor použil, celkově je tak celá diskuse vytržená z kontextu. Bohužel nelze vůbec posoudit, zda práce přináší nějaké původní výsledky, protože jsou tak málo popsané, že není jasné, co který graf vyjadřuje. Zhodnocení výsledků je shrnuté na pouhé jedné straně textu, není jasné, jak autor k výsledkům dospěl. Byť je práce podložena dostatečným množstvím kvalitních referencí, práce s nimi není ideální a referencovány jsou vždy celé odstavce. Po formální stránce je práce průměrná, především konec práce obsahuje překlepy, což vypadá, jak kdyby autor dokončoval práci ve spěchu, bez patřičné kontroly. Popisky os v grafech by měli být větší. Koncepčně na mě práce nepůsobí vůbec špatně, myslím, že kapitoly jsou rozvrženy ideálně a při dopracování by se mohlo jednat o velmi pěknou práci. Bohužel v současné verzi nejsou jednotlivé kapitoly rozpracované ani do takového detailu, abych mohl považovat zadání práce za splněné. Z toho důvodu hodnotím práci jako nedostatečnou.
eVSKP id 134809