KODYM, O. Segmentace hipokampu v MRI datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Předložená práce studenta Oldřicha Kodyma se věnuje problematice segmentace hipokampu v MRI datech. V rámci přípravy na samotné programové řešení problému student důkladně prostudoval základy teorie grafů a využití grafové reprezentace obrazu pro segmentaci. Poznatky nabyté při studiu literatury pak shrnul v rozsáhlém teoretickém popisu, ze kterého je patrné, že segmentaci obrazů s využitím grafové reprezentace dostatečně porozuměl. Během vypracovávání teoretické části práce student prokázal, že je schopen se orientovat v zahraniční odborné literatuře. Problém segmentace hipokampu je v práci řešen semiautomatickou metodou s nutností inicializačního zásahu uživatele a možností následných úprav prvotního výsledku. Tento formát řešení se, vzhledem k obtížnosti zadaného úkolu a možného využití v klinické praxi, zdá být vhodný. Lze konstatovat, že navržený program je plně funkční a zadání práce splněné v celém rozsahu. Bakalářská práce vznikala kontinuálně, student pravidelně a smysluplně konzultoval a přicházel s vlastními řešeními problémů. Kladně hodnotím i úspěch na studentské konferenci EEICT 2015, kde student s příspěvkem vycházejícím z bakalářské práce zvítězil ve své kategorii. K formální stránce práce taktéž nemám výhrady a hodnotím stupněm A 98b.
Bakalářská práce se zabývá problematikou segmentace hipokampu ve 3D obrazových datech pořízených s využitím magnetické rezonance. V teoretické části práce student stručně, logicky a přehledně popisuje základní terminologii a teorii grafů, způsoby nalezení optimálního řezu grafem a přístupy optimalizující výpočetní náročnost algoritmu. Dále student představuje možnosti implementace grafových metod pro n-rozměrná data, přičemž se zejména zabývá 2D obrazovými daty a 3D objemovými obrazovými daty. Součástí je také stručná literární rešerše týkající se využití grafových řezů pro segmentaci hipokampu. Z hlediska zpracování a srozumitelnosti teoretické části je práce na velmi dobré odborné úrovni a dokazuje, že se student v dané problematice dobře orientuje. Praktická část práce se zabývá vytvořením softwaru pro poloautomatickou segmentaci hipokampu v programovém prostředí MATLAB a následnou implementací do volně dostupného softwaru 3D Slicer, což hodnotím jako velmi pozitivní krok jak z hlediska uživatelské přívětivosti a dostupnosti, tak z hlediska možného využití vědeckou i lékařskou společností. Následně student vytvořený algoritmus testoval na syntetických i reálných dostupných datech a stručně diskutoval jeho úspěšnost. Práci s literaturou hodnotím velmi dobře; student vhodně cituje, využívá většinové množství zahraniční, kvalitní a relevantní literatury, což dokazuje jeho schopnost orientace v odborných publikacích a schopnost jejich účinného využití. Kromě drobných nedostatků, jako jsou občasné překlepy, nedostatečné popisky obrázků a některých matematických vztahů a občasné nedodržování symboliky, mám několik připomínek. Například kapitolu 4.4 – Testování na zkušebních 2D a 3D datech bych očekával spíše v části zabývající se diskuzí dosažených výsledků než v části implementace algoritmu. Dále postrádám parametry testovaných syntetických dat, kde je pouze uvedeno, že obraz byl zašuměn Gaussovským šumem. Student také uvádí, že z důvodu nedostatku expertně označených dat nebylo možné objektivní statistické hodnocení, což akceptuji, nicméně celkově mohlo být provedeno zhodnocení na větším množství reálných dat alespoň formou subjektivního hodnocení (celkový počet testovaných pacientů, procento úplného selhání algoritmu, apod.). Testování na syntetických datech mohlo být (zejména při nedostatku relevantních reálných dat) rozsáhlejší, například vyhodnocení vlivu šumu, vlivu počtu inicializačních voxelů, vlivu parametru lambda, vlivu přidané nízkofrekvenční složky, apod. Vzhledem k tomu, že část zabývající se ověřením algoritmu a diskuzí výsledků se vztahuje k jednomu celému bodu zadání, považuji vypracování na tři strany dosti zjednodušené. Celkově považuji zadání za splněné, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm A (92 bodů).
eVSKP id 84359