Izolace DNA z probiotických druhů baktérií mléčného kvašení v potravinových doplňcích

Abstract

V této práci byly testovány magnetické nosiče funkcionalizované streptavidinem při selektivní izolaci DNA. Metoda selektivní izolace DNA byla testována s využitím DNA probiotického kmene Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CCDM 211/06. Na nosiče s navázaným streptavidinem byl imobilizován biotinylovaný oligonukleotid a využit jako DNA sonda pro izolaci komplementárního řetězce DNA pomocí DNA/DNA hybridizace. Jako DNA sonda byl testován primer R 5´ bio a biotinylovaný denaturovaný PCR produkt specifický pro druh Lb. paracasei. Byly optimalizovány následující experimentální podmínky selektivní izolace DNA: teplota a doba hybridizace, množství DNA, eluce DNA z mikročástic. Izolace DNA byla ověřena pomocí PCR s rodově specifickými primery. Byl amplifikován rodově specifický PCR produkt o velikosti 250 bp, který byl prokázán pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Použitý postup byl úspěšně použit při selektivní izolaci DNA Lactobacillus z komplexního vzorku doplňku stravy (BIFI pangamin).In this work the functionalised magnetic particles were tested with streptavidin to selective DNA isolation. The method of selective DNA isolation was tested by using DNA probiotic strain Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CCDM 211/06. A test was done on the biotinyl oligonucleotic particles, which was immobilised by containing streptavidin and it was used like a DNA probe for isolation complementary DNA chain by means of DNA/DNA hybridization. The primer R 5´ bio and the biotinyl denatured specific PCR product were tested for species Lb. paracasei as a DNA probe. These following experimental conditions were optimized for selective DNA isolation: temperature and time of hybridization, amount of DNA and the release of DNA from microspheres. Isolation of DNA was verified by PCR with specific generic primers. The specific generic PCR product was amplified in extent 250 bp, which was detected by using electrophoresis in agarose gel. This optimized method was successfully used in selective isolation of DNA Lactobacillus from a complementary sample of supplementary food (BIFI pangamin).