Prediktor vlivu aminokyselinových substitucí na stabilitu proteinů
Loading...
Date
Authors
Flax, Michal
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Tato práce se zabývá predikcí vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinů. Pro predikci jsou v této práci využity rozdílné metody strojového učení. Mutace proteinů jsou klasifikovány na mutace, které zvyšují stabilitu proteinů a na mutace, které snižují stabilitu proteinů. Aplikace také predikuje velikost změny Gibbsovy volné energie po mutaci.
This paper deals with prediction of influence of amino acids mutations on protein stability. The prediction is based on different methods of machine learning. Protein mutations are classified as mutations that increase or decrease protein stability. The application also predicts the magnitude of change in Gibbs free energy after the mutation.
This paper deals with prediction of influence of amino acids mutations on protein stability. The prediction is based on different methods of machine learning. Protein mutations are classified as mutations that increase or decrease protein stability. The application also predicts the magnitude of change in Gibbs free energy after the mutation.
Description
Keywords
Stabilita proteinů , mutace , aminokyseliny , strojové učení , klasifikace , regrese , support vector machines , umělé neuronové sítě , náhodný les. , Stability of proteins , mutation , amino acids , machine learning , classification , regression , support vector machines , artificial neural networks , random forest.
Citation
FLAX, M. Prediktor vlivu aminokyselinových substitucí na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2017.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2017-06-21
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B. Otázky u obhajoby: Používáte zajímavé kódování mutací a sousedních aminokyselin, v čem vidíte jeho přednosti? Máte představu, jak si váš konsensuální nástroj stojí v porovnání s ostatními nástroji?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena