Automatická úprava obrazů z 1D gelové elektroforézy

Abstract

V této bakalářské práci jsou vysvětleny základní principy elektroforézy a jejích modalit se zaměřením na 1D gelovou elektroforézu. Popisuje analýzu elektroforeogramu a příčiny jeho zkreslení, a uvádí specifikace aplikací metody v mikrobiologii, genomice a proteomice. Praktická část prezentuje vývoj, optimalizaci a výstupy programu pro automatickou analýzu elektroforeogramů, vytvořeného v prostředí Matlab. Analýza zahrnuje detekci linií a proužků v obrazu a výpočet molekulárních hmotností vzorků. Závěr práce tvoří hodnocení účinnosti detekce a přesnosti výpočtu hmotností.In this bachelor’s thesis are explained the basic principles of electrophoresis and its modalities with focusing on 1D gel electrophoresis. It describes analysis of an electrophoreogram and causes of its possible distortion, and states specifications of applications of the method in microbiology, genomics and proteomics. The practical part presents development, optimization and outputs of a programme for automatic electrophoreogram analysis, which was created in Matlab environment. The analysis contains lane and band detection and computation of samples’ molecular weight. The ending of the thesis is constituted by evaluating efficiency of detection and accuracy of weight computation.