Biochemická analýza DNA interakčních partnerů

Abstract

Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.This thesis was focused on DNA analysis. The fluorescently labelled oligonucleotides were at first hybridised and subsequently analysed by HRM analysis to determine the melting temperatures of the oligonucleotides depending on the environment. This thesis describes the change of melting temperature of oligonucleotides in environments containing mono and bivalent ions and the influence of protein binding on the stability of these DNA structures. From determined melting points, it was specified whether the ion/protein stabilised or destabilised the oligonucleotide. Furthermore, plasmids were isolated and analyzed by atomic force microscopy.