Porovnání bakteriálních genomů získaných z druhé a třetí generace sekvenátorů.

Abstract

Tato bakalářská práce se zabývá sekvenačními technologiemi se zaměřením především na druhou a třetí generaci sekvenátorů a platformy Illumina Miseq a Oxford Nanopore Technologies MinION. Je zde uveden popis sestavování genomů s praktickou ukázkou sestavení 6 genomů bakterie Klebsiella pneumoniae poskytnuté FN Brno a testování kvality těchto genomů. Závěrečná část obsahuje teoretický popis a praktickou implementaci vybraných metod pro porovnání sestavených genomů pocházejících z dvou odlišných sekvenačních platforem.This bachelor thesis deals with sequencing technologies with a focus on the second and third generation of sequencers and platforms Illumina Miseq and Oxford Nanopore Technologies MinION. There is a description of an assembly of genomes with an example of the assembly of 6 genomes of a bacteria Klebsiella pneumoniae and a quality testing of these genomes. The final part contains a theoretical description and a practical implementation of selected methods for comparison of the assembled genomes, which come from two different sequencing platforms.