Metody analýzy pangenomu u bakteriálních populací
Loading...
Date
Authors
Lorková, Ema Marta
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
ORCID
Abstract
Táto bakalárska práca sa zaoberá analýzou pangenómu u bakteriálnych populácií. V prvej časti je opísaný genóm, pseudogény, baktérie vrátane ich genómu, pangenóm a jeho súčasti. Uvedený je popis štyroch vybraných nástrojov na analýzu pangenómu. V praktickej časti je prevedené testovanie týchto nástrojov a porovnanie ich výstupov pre genóm danej baktérie. Nakoniec je navrhnutý algoritmus pre vlastnú metódu analýzy, opísaný je vlastný program a získané výsledky.
This bachelor thesis deals with pan-genome analysis for bacterial populations. The first part specifies genome, pseudogenes, bacteria and its genome, and pan-genome including its components. Following part introduces four tools for pan-genome analysis. Testing of these tools against specific bacterial genome and their comparison is mentioned in practical part. Lastly, an algorithm is implemented for creating new pipeline, and a code and obtained results are described.
This bachelor thesis deals with pan-genome analysis for bacterial populations. The first part specifies genome, pseudogenes, bacteria and its genome, and pan-genome including its components. Following part introduces four tools for pan-genome analysis. Testing of these tools against specific bacterial genome and their comparison is mentioned in practical part. Lastly, an algorithm is implemented for creating new pipeline, and a code and obtained results are described.
Description
Keywords
Citation
LORKOVÁ, E. Metody analýzy pangenomu u bakteriálních populací [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Daniel Novák, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Andrea Němcová, Ph.D. (člen)
Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen)
MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Králík (člen)
Date of acceptance
2022-06-15
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Němcová se ptá na porovnání algoritmu s ostatními algortimy. Jak vznikl redukovaný dataset? Dají se výsledky generalizovat?
MUDr. Jurajda se ptá jestli je výpočet náročný i na servrovém úložišti?
Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena