Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů
Loading...
Date
Authors
Klouba, Lukáš
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
ORCID
Abstract
Cílem této práce je vytvořit algoritmus, který pomocí sufixových konstrukcí umožní zarovnání genomu dvou organismů, a implementovat jej do programového prostředí jazyka R. Práce se věnuje popisu konstrukce sufixových struktur a metodami celogenomového zarovnání. Výsledkem práce je funkční algoritmus pro celogenomové zarovnání pomocí sufixových struktur implementovaný v programovém prostředí R a jeho srovnání s podobnými programy pro celogenomové zarovnání.
The aim of this thesis is to create an algorithm that allows the alignment of the genome of two organisms by means of suffix structures and to implement it into the programming language environment R. The thesis deals with the description of the construction of the suffix structures and the methods of whole genome alignment. The result of the thesis is a functional algorithm for whole genome alignment by means of suffix structures implemented in the software environment R and its comparison with similar programs for the whole genome alignment.
The aim of this thesis is to create an algorithm that allows the alignment of the genome of two organisms by means of suffix structures and to implement it into the programming language environment R. The thesis deals with the description of the construction of the suffix structures and the methods of whole genome alignment. The result of the thesis is a functional algorithm for whole genome alignment by means of suffix structures implemented in the software environment R and its comparison with similar programs for the whole genome alignment.
Description
Keywords
Citation
KLOUBA, L. Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (místopředseda)
doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (člen)
Ing. Marina Filipenská, Ph.D. (člen)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2017-06-06
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Maděránková položila otázku: Co to jsou treponemy?
Doc. Kolář položil otázku: Jak je možné zrychlit navržený algoritmus?
Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena