Optimalizace zpracování MREG MRI dat
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
MR-encefalografia (MREG) je inovatívna metóda ultrarýchleho magnetického rezonančného zobrazovania. Väčšina publikácií na túto tému sa venuje predovšetkým akvizícií a rekonštrukcií surových dát. Štúdie, ktoré by sa venovali zavedeniu štandardného postupu predspracovania MREG dát ešte neboli publikované, čo bolo motiváciou pre vypracovanie tejto bakalárskej práce. Cieľom tejto práce bolo stanoviť optimálny postup predspracovania MREG dát, ktorý by mohol byť odporučený aj pre budúce štúdie, využívajúce práve túto metódu zobrazovania. Stanovený cieľ bol rozdelený na viaceré podúlohy, ktorých vypracovaním sa dostávame k celkovému riešeniu. Jednotlivé podúlohy pozostávali z vypracovania literárnej rešerše, implementácie obvyklého postupu predspracovania a navrhnutia a implementácie alternatívnych postupov predspracovania do programového prostredia MATLAB. Navrhnuté postupy boli následne vyhodnotené podľa vytvorených kritérií, popísaných v práci. Výsledky hodnotenia boli okomentované a graficky znázornené. Na základe získaných výsledkov bol stanovený optimálny postup, ktorý pozostáva z korekcie pohybu a geometrického skreslenia pomocou funkcie Realign & UNWARP, priestorovej normalizácie k EPI snímku MNI šablóny a priestorového vyhľadenia pomocou konvolúcie s Gausovským jadrom.
MR-encephalography (MREG) is an innovative method of ultrafast magnetic resonance imaging. Most of the publications about this method are concerning about acquisition and reconstruction of raw data. Studies dedicated to standardization of preprocessing MREG data have not been published yet, which led to motivation of creating this bachelor thesis. The main goal of this thesis is to set an optimal way of preprocessing MREG data, which could be advised for future studies utilizing this method. The main goal of this work was divided into several subgoals, consisting of making a literary review, implementation of general method for data preprocessing and suggesting an alternative ways of data preprocessing and their implementation into MATLAB programming language. Suggested ways of data preprocessing were evaluated by created criteria, described in this work. Results of the evaluation were discussed and interpreted by graphs. Based on the results of the evaluation, an optimal way for preprocessing data was set. It consists of movement and geometric distortion correction accomplished by SPM Realign & UNWARP function, spatial normalisation to EPI MNI template and spatial smoothing by Gaussian kernel.
MR-encephalography (MREG) is an innovative method of ultrafast magnetic resonance imaging. Most of the publications about this method are concerning about acquisition and reconstruction of raw data. Studies dedicated to standardization of preprocessing MREG data have not been published yet, which led to motivation of creating this bachelor thesis. The main goal of this thesis is to set an optimal way of preprocessing MREG data, which could be advised for future studies utilizing this method. The main goal of this work was divided into several subgoals, consisting of making a literary review, implementation of general method for data preprocessing and suggesting an alternative ways of data preprocessing and their implementation into MATLAB programming language. Suggested ways of data preprocessing were evaluated by created criteria, described in this work. Results of the evaluation were discussed and interpreted by graphs. Based on the results of the evaluation, an optimal way for preprocessing data was set. It consists of movement and geometric distortion correction accomplished by SPM Realign & UNWARP function, spatial normalisation to EPI MNI template and spatial smoothing by Gaussian kernel.
Description
Citation
LAMPERT, F. Optimalizace zpracování MREG MRI dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda)
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen)
Ing. Kateřina Jurečková (člen)
MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2021-06-16
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení