Vývoj postupu pro MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum
Loading...
Date
Authors
Taliánová, Eliška
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
ORCID
Abstract
Práce se zabývá problematikou MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum. Tato spirochetní bakterie způsobuje nemoc syfilis. MLST typování představuje významný zdroj informací, jak o sekvenčních změnách genů, tak o jejich dopadech na patogenitu této bakterie. Snaží se navrhnout postup pro určení alelického profilu s využitím SRA dat. Využívá BWA mapování na referenční genom.
This thesis is focused on MLST typing Treponema pallidum subsp. pallidum. This spirochete bacterium causes the disease syphilis. MLST typing represents an important source of information, both on the sequence changes of genes and on their impact on the pathogenicity of this bacterium. It tries to design a metod for obtaining the allelic profile using SRA data. It uses BWA mapping to the reference genome.
This thesis is focused on MLST typing Treponema pallidum subsp. pallidum. This spirochete bacterium causes the disease syphilis. MLST typing represents an important source of information, both on the sequence changes of genes and on their impact on the pathogenicity of this bacterium. It tries to design a metod for obtaining the allelic profile using SRA data. It uses BWA mapping to the reference genome.
Description
Keywords
MLST typování , Treponema pallidum subsp. pallidum , syfilis , SRA databáze , BWA , TP0136 , TP0548 , TP0705 , kmen Nichols , kmen SS14 , MLST typing , Treponema pallidum subsp. pallidum , syphilis , SRA database , BWA , TP0136 , TP0548 , TP0705 , Nichols strain , SS14 strain
Citation
TALIÁNOVÁ, E. Vývoj postupu pro MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (předseda)
Ing. Markéta Jakubíčková, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Mézl, Ph.D. (člen)
Ing. Jana Musilová, Ph.D. (člen)
Ing. Radovan Smíšek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-10
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Studentka se vyjádřila k posudkům a odpověděla na otázku oponenta: jak bylo počítáno pokrytí a podobnost genů? Ing. Vítek: Myslíte, že je ta práce doplnitelná přes prázdniny?
Komise se usnesla, že práce vykazuje závažné nedostatky v praktické části. Studentka neobhájila diplomovou práci.
Result of defence
práce nebyla úspěšně obhájena