Vizualizace genomických rysů transposonů
Loading...
Date
Authors
Nétková, Barbora
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Tato práce se zabývá vizualizací genomických rysů transposonů. Vstupní soubor k vizualizaci je typu GFF. Tento typ souboru má pevnou definici a v dnešní době je tento typ souboru běžně používaný k popisu genomů. Přestože již existuje několik nástrojů, které vizualizaci z GFF souborů umožňují, volně dostupný nástroj s různými možnostmi vizualizace a snadným ovládáním chybí. Aplikace prezentovaná v této práci má za úkol spojit výhody existujících komerčních produktů s volnou dostupností. K ovládání aplikace slouží grafické uživatelské rozhraní. Aplikace umožňuje snadno nahrát vstupní soubor, vytvořit hierarchicky strukturovaný strom z jednotlivých prvků a následně umožní vizualizaci jednotlivých prvků a jejich vnitřní struktury v pravé části okna aplikace.
This thesis deals with visualization of transposons' genomic features. The Genomic feature format (GFF) is an input file to visualisation. This type of file has strict definition and it is nowadays a de-facto standard format for genome description. Although there are several tools for GFF visualization, an open source application with advanced visualization features is missing. This work presents a design of such a tool. The application has a graphical user interface to simplify the user's work and combines the advantages of existing commercial products with free access. The application provides simple way to import user's biological data from a GFF file, creates hierarchical tree of individual elements including a detailed internal structure visualization in a subwindow.
This thesis deals with visualization of transposons' genomic features. The Genomic feature format (GFF) is an input file to visualisation. This type of file has strict definition and it is nowadays a de-facto standard format for genome description. Although there are several tools for GFF visualization, an open source application with advanced visualization features is missing. This work presents a design of such a tool. The application has a graphical user interface to simplify the user's work and combines the advantages of existing commercial products with free access. The application provides simple way to import user's biological data from a GFF file, creates hierarchical tree of individual elements including a detailed internal structure visualization in a subwindow.
Description
Keywords
vizualizace , transposony , hierarchický strom , GFF , genomické rysy , DNA , visualisation , transposons , hiararchical tree , GFF , genomic features , DNA
Citation
NÉTKOVÁ, B. Vizualizace genomických rysů transposonů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. RNDr. Jitka Kreslíková, CSc. (místopředseda)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Michal Španěl, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2014-06-19
Defence
Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Jak náročné by bylo implementovat podporu pro další formáty určené k ukládání informací o DNA? Dokážete odhadnout, jak by se zvětšil potenciální okruh uživatelů? Budete se pokoušet uživatelskou základnu nástroje rozšířit i mimo Biofyzikální ústav?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena