Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Loading...
Date
Authors
Remiáš, Richard
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Práca sa zaoberá problematikou vyhľadávania presných a približných palindrómov. V súvislosti s vyhľadávaním presných palindrómov analyzuje naivný postup vyhľadávania ako aj postupy založené na sufixových stromoch, ktorých konštrukcia je tiež rozobraná. Vyhľadávanie približných palindrómov je realizované za pomoci princípov dynamického programovania. Samotné vyhľadávanie je rozdelené na tri časti: vyhľadanie palindrómov, filtrácia výsledkov a ich rekonštrukcia. Každá časť je popísaná algoritmom a implementovaná programom v prílohe práce.
This work discusses problematics of exact and approximate palindrome searching. In relation with exact palindrome searching, native algorithm and algorithm using suffix trees, which construction is also analyzed, is presented. Approximate palindrome search is implemented with application of dynamic programming principles. The search itself is dividded into three parts: palidnrome search, result filter and reconstruction of palindromes. Each part is described by an algorithm and implemented in a program, contained in attachment.
This work discusses problematics of exact and approximate palindrome searching. In relation with exact palindrome searching, native algorithm and algorithm using suffix trees, which construction is also analyzed, is presented. Approximate palindrome search is implemented with application of dynamic programming principles. The search itself is dividded into three parts: palidnrome search, result filter and reconstruction of palindromes. Each part is described by an algorithm and implemented in a program, contained in attachment.
Description
Citation
REMIÁŠ, R. Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2010.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
doc. RNDr. Jitka Kreslíková, CSc. (předseda)
doc. Dr. Ing. Otto Fučík (místopředseda)
doc. Ing. Vítězslav Beran, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Hrubý, Ph.D. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2010-06-17
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázku přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Využíval jste při formulaci definic, které práce obsahuje, nějaké informační zdroje? Co je to kompaktní forma DP matice? Jakým způsobem počítáte diagonály v DP matici?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena