Hledání vhodných deskriptorů pro popis bakteriálních genomů

Abstract

Táto bakalárska práca sa zaoberá skúmaním DNA sekvencií genómov rôznych baktérií. Cieľom je určiť, či je možné na základe počtov n-tíc nukleotidov zistiť, z ktorej baktérie, resp. druhu baktérií sekvencia pochádza. Výsledky skúmania boli získané pomocou nástroja, ktorého realizácia tvorí súčasť práce. Výstupom tejto práce sú experimenty so sekvenciami na báze štatistických výpočtov s frekvenciami n-tíc a rozhodnutie, či je tento prístup prínosný.This bachelor thesis deals with the investigation of DNA sequences of bacterial genomes. The aim is to find out whether it is possible to determine on the basis of the nucleotide tuple frequencies from which bacteria specie the examined sequence originates. The investigation results were obtained by a tool whose implementation is also a part of the work. The output of this thesis are the experiments with nucleotide tuple frequencies based on statistical calculations and decision whether this approach is beneficial or not.