Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
but.committee | doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (místopředseda) Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen) MUDr. Jan Máchal, Ph.D. (člen) Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Svoboda (člen) | cs |
but.defence | Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Kolář položil otázku: Vysvětlete volbu prahu pro kondenzaci. Jaká je časová náročnost algoritmu? MuDr. Máchal položil otázku: Jakou měrou práce hodnotila heritabilitu? Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta. | cs |
but.jazyk | čeština (Czech) | |
but.program | Biomedicínská technika a bioinformatika | cs |
but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
dc.contributor.advisor | Sedlář, Karel | cs |
dc.contributor.author | Matula, Jan | cs |
dc.contributor.referee | Maděránková, Denisa | cs |
dc.date.accessioned | 2019-04-03T22:48:38Z | |
dc.date.available | 2019-04-03T22:48:38Z | |
dc.date.created | 2017 | cs |
dc.description.abstract | Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454. | cs |
dc.description.abstract | Modern research of viral diseases relies on genomic data processing. Not only is the sequence of a virus important, genomic sequence of specific receptors in affected organisms also plays an important role. In this paper, a novel package for processing of next generation sequencing data in infectious disease written using R/Bioconductor language is proposed. Functionality of the package, including implementation of advanced SSAHA algorithm for fast database searches, is demonstrated using genotyping of genes for MHC and KIR receptors of HIV positive macaques. | en |
dc.description.mark | B | cs |
dc.identifier.citation | MATULA, J. Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017. | cs |
dc.identifier.other | 102413 | cs |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/68174 | |
dc.language.iso | cs | cs |
dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
dc.subject | HIV | cs |
dc.subject | genotypizace | cs |
dc.subject | MHC | cs |
dc.subject | SSAHA | cs |
dc.subject | R | cs |
dc.subject | databáze | cs |
dc.subject | HIV | en |
dc.subject | genotyping | en |
dc.subject | MHC | en |
dc.subject | SSAHA | en |
dc.subject | R | en |
dc.subject | databases | en |
dc.title | Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV | cs |
dc.title.alternative | MHC and KIR genotyping of macaques in HIV infection research | en |
dc.type | Text | cs |
dc.type.driver | bachelorThesis | en |
dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
dcterms.dateAccepted | 2017-06-19 | cs |
dcterms.modified | 2017-06-20-08:58:18 | cs |
eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
sync.item.dbid | 102413 | en |
sync.item.dbtype | ZP | en |
sync.item.insts | 2021.11.12 08:58:34 | en |
sync.item.modts | 2021.11.12 08:32:27 | en |
thesis.discipline | Biomedicínská technika a bioinformatika | cs |
thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství | cs |
thesis.level | Bakalářský | cs |
thesis.name | Bc. | cs |
Files
Original bundle
1 - 3 of 3
Loading...
- Name:
- final-thesis.pdf
- Size:
- 2.29 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- final-thesis.pdf
Loading...
- Name:
- review_102413.html
- Size:
- 6.6 KB
- Format:
- Hypertext Markup Language
- Description:
- review_102413.html