Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) Ing. Marina Filipenská, Ph.D. (místopředseda) Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen) MUDr. Jan Máchal, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Svoboda (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Kolář položil otázku: Vysvětlete volbu prahu pro kondenzaci. Jaká je časová náročnost algoritmu? MuDr. Máchal položil otázku: Jakou měrou práce hodnotila heritabilitu? Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSedlář, Karelcs
dc.contributor.authorMatula, Jancs
dc.contributor.refereeMaděránková, Denisacs
dc.date.created2017cs
dc.description.abstractModerní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454.cs
dc.description.abstractModern research of viral diseases relies on genomic data processing. Not only is the sequence of a virus important, genomic sequence of specific receptors in affected organisms also plays an important role. In this paper, a novel package for processing of next generation sequencing data in infectious disease written using R/Bioconductor language is proposed. Functionality of the package, including implementation of advanced SSAHA algorithm for fast database searches, is demonstrated using genotyping of genes for MHC and KIR receptors of HIV positive macaques.en
dc.description.markBcs
dc.identifier.citationMATULA, J. Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.cs
dc.identifier.other102413cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/68174
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectHIVcs
dc.subjectgenotypizacecs
dc.subjectMHCcs
dc.subjectSSAHAcs
dc.subjectRcs
dc.subjectdatabázecs
dc.subjectHIVen
dc.subjectgenotypingen
dc.subjectMHCen
dc.subjectSSAHAen
dc.subjectRen
dc.subjectdatabasesen
dc.titleGenotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIVcs
dc.title.alternativeMHC and KIR genotyping of macaques in HIV infection researchen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2017-06-19cs
dcterms.modified2017-06-20-08:58:18cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid102413en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.16 23:50:48en
sync.item.modts2025.01.15 13:33:01en
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
2.29 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
2.75 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_102413.html
Size:
6.6 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_102413.html
Download
Collections
2017