Kompenzace geometrického zkreslení obrazu gelové elektroforézy
Loading...
Date
Authors
Dvořáček, Tomáš
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
ORCID
Abstract
Tato diplomová práce se zabývá problematikou vzniku a kompenzace geometrických zkreslení u 1D elektroforézy na agarózovém gelu. Diplomová práce rozebírá problematiku příčin vzniku těchto deformací a shrnuje teorii, nutnou k jejich kompenzaci. Na základě takto získané teorie a vytvořených elektroforetických fantomů, obsahuje práce několik návrhů algoritmů pro kompenzaci vzniklých deformací. Tyto návrhy jsou dále přetvořeny do funkcí, které jsou spojeny do funkčního uživatelského rozhraní, sloužící k analýze obrazu gelu a pro kompenzaci geometrických deformací.
This master thesis is engaged in problematics of creation and compensation of geometric distortions in 1D agarose electrophoresis. This master thesis analyze the problematics of cause of these distortions and summarize the theory needed for compensation of these distortions. Based on acquired theory and created electrophoretic phantoms, the master thesis contains several suggestions for compensation of incurred distortions. These suggestions are recreated into functions, which are connected into a functional user interface for gel image analysis and geometric distortions compensation.
This master thesis is engaged in problematics of creation and compensation of geometric distortions in 1D agarose electrophoresis. This master thesis analyze the problematics of cause of these distortions and summarize the theory needed for compensation of these distortions. Based on acquired theory and created electrophoretic phantoms, the master thesis contains several suggestions for compensation of incurred distortions. These suggestions are recreated into functions, which are connected into a functional user interface for gel image analysis and geometric distortions compensation.
Description
Keywords
Elektroforéza , 1D , deformace , geometrická , zkreslení , agaróza , gel , smile efekt , kontrast , izolovaný pixel , vzduchové bubliny v gelu , šum , algoritmy , velikostní marker , fragment , band , kompenzace. , Electrophoresis , 1D , deformation , geometric , distortion , agarose , gel , smile effect , contrast , isolated pixel , air bubbles in gel , noise , algorithm , ladder , fragment , band , compensation.
Citation
DVOŘÁČEK, T. Kompenzace geometrického zkreslení obrazu gelové elektroforézy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (předseda)
prof. Ing. Jaromír Hubálek, Ph.D. (místopředseda)
RNDr. Petr Fuchs, Ph.D. (člen)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen)
Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-06-09
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Dr. Odstrčilík se dotázal na získání hranové reprezentace "U-bandů". Doc. Hubálek se dotázal na využití práce pro separaci reálných vzorků. Doc. Rozman se dotázal na využití práce v kriminalistice.
Student odpověděl na otázky oponenta i členů komise a obhájil diplomovou práci.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena