Analýza genetické variability v sekvenačních datech treponemálních kmenů

Abstract

Tato diplomová práce se zabývá metodami určení genetické variability v sekvenačních datech. Sekvenovaným organismem je několik kmenů bakterie Treponema pallidum. Bakterie byly osekvenovány na platformě Illumina. Navrhujeme postup určení variabilních míst v resekvenovaných genomech a jejich následné zkoumání v rámci jednoho genomu, tak i porovnání napříč všemi zpracovávanými genomy.This diploma thesis is dealing with methods of identification genetic variability in sequencing data. The resarch is targeted to bacterial strains of Treponema pallidum. The sequencing was performed by Illumina platform. There is a proposition of method to identificate variable spots in resequenced genomes and their analysis and comparation across all processed genomes.