Rekonstrukce DNA sekvencí obsahujících opakující se vzory
| but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. RNDr. Jitka Kreslíková, CSc. (místopředseda) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen) doc. Ing. Michal Španěl, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Vysvetlite, na akej báze funguje program RepeatMasker bez prítomnosti referenčného genómu (pravý horný segment obrázku 3.1). Do akej databázy sa dotazuje program BLAST vo vami navrhnutej k-merovej analýze (obr. 4.8)? Ako je to v prípade analýzy de-novo bez prítomnosti referenčného genómu? | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Martínek, Tomáš | cs |
| dc.contributor.author | Dvořáček, Vojtěch | cs |
| dc.contributor.referee | Vogel, Ivan | cs |
| dc.date.created | 2014 | cs |
| dc.description.abstract | Tato bakalářská práce se zabývá rekonstrukcí repetitivních motivů v genomových sekvencích. Motivací jejího vzniku byla potřeba vytvořit automatizovaný nástroj pro charakterizaci telomerických sekvencí v rostlinných genech. Práce se však zabývá obecným řešením dané problematiky. Navržené řešení je založeno na k-merové analýze, řadící se mezi metody nevyužívající zarovnání. Největší výhodou této metody je schopnost rekonstruovat repetitivní motivy z NGS sekvenačních dat. V rámci práce bylo navrženo a implementováno řešení, které umožňuje automatizovaně volit vhodné parametry pro k-merovou analýzu jejich odvozením ze vstupních dat a následně jejich optimalizací pomocí lokálního prohledávání stavového prostoru. | cs |
| dc.description.abstract | This bachelor thesis focuses on reconstruction of repetitive patterns in DNA sequences. Although it is motivated by need to create automated tool for telomere characterization in plant genomes, its goal is creating general solution of given problem. Suggested solution is based on k-mer analysis, which is alignment free method. Its greatest advantage lies in possibility to reconstruct repetitive patterns from NGS sequencing data. Within the scope of this work was designed and iplemented solution, which is able to automatically estiamte suitable parametres for k-mer analysis from input data and optimize them by local state space search method. | en |
| dc.description.mark | C | cs |
| dc.identifier.citation | DVOŘÁČEK, V. Rekonstrukce DNA sekvencí obsahujících opakující se vzory [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2014. | cs |
| dc.identifier.other | 79893 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/56621 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | DNA | cs |
| dc.subject | repetice | cs |
| dc.subject | k-merová analýza | cs |
| dc.subject | optimalizace | cs |
| dc.subject | rekonstrukce | cs |
| dc.subject | NGS | cs |
| dc.subject | DNA | en |
| dc.subject | repetitive pattern | en |
| dc.subject | k-mer analysis | en |
| dc.subject | optimization | en |
| dc.subject | reconstruction | en |
| dc.subject | NGS | en |
| dc.title | Rekonstrukce DNA sekvencí obsahujících opakující se vzory | cs |
| dc.title.alternative | Reconstruction of DNA Sequences Containing Repetitive Patterns | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2014-06-19 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-10-16:11:43 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 79893 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.18 18:48:14 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 13:26:07 | en |
| thesis.discipline | Informační technologie | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |