Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
F
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Bakalářská práce se zabývá problematikou pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu. Práce je rozdělena na dvě části. První část se věnuje teorii a vysvětlení základních pojmů, konkrétně popisuje mitochondriální genom, nukleotidové mutace, pozitivní a negativní selekci a v neposlední řadě evoluční modely. Druhá část je zaměřena na praktické zpracování mitochondriální DNA a vytvoření funkcí v programovacím prostředí R. Důraz je kladen především na zarovnání sekvencí genů a hledání substitucí. Získané výsledky jsou následně porovnávány s výstupy z programů PAML a KaKs Calculator.
The bachelor thesis engages with problematics of positive and negative selection of mitochondrial genome. Thesis is divided into two parts. First part grapples with theory and explanation of fundamental definitions, in particular understates mitochondrial genome, nucleotide mutation, positive and negative selection and furthermore evolution models. Second part focuses on processing mitochondrial DNA practically and on establishing functions in programming environment R. The emphasis is foremost on gene sequencing alignment and exploring substitutions. Consequently, obtained outcomes are contrasted with PAML and KaKs Calculator programme outcomes.
The bachelor thesis engages with problematics of positive and negative selection of mitochondrial genome. Thesis is divided into two parts. First part grapples with theory and explanation of fundamental definitions, in particular understates mitochondrial genome, nucleotide mutation, positive and negative selection and furthermore evolution models. Second part focuses on processing mitochondrial DNA practically and on establishing functions in programming environment R. The emphasis is foremost on gene sequencing alignment and exploring substitutions. Consequently, obtained outcomes are contrasted with PAML and KaKs Calculator programme outcomes.
Description
Citation
SVOBODA, M. Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Jiří Kozumplík, CSc. (předseda)
prof.Ing. Marek Penhaker, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Helena Škutková, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Mézl, Ph.D. (člen)
MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen)
Mgr. Erik Staffa, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2017-06-19
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Student neobhájil bakalářskou práci.
Result of defence
práce nebyla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení