Podpůrné zpracování tomografických dat pro 3D Slicer

Abstract

Diplomová práce shrnuje dostupné programy pro vizualizaci a segmentaci biomedicínských dat. Hlavní zaměření je na open source software 3D Slicer, u kterého jsou popsány všechny hlavní moduly a dostupné nástroje pro zpracování a segmentaci 3D obrazů. Čtenář je také seznámen s možností vytváření nových modulů a funkcí ve Sliceru za použití programování v Pythnu. V praktické části je vytvořen modul pro rychlou a efektivní segmentaci srdce a jeho částí pomocí metody Watershed. Modul obsahuje nástroje pro předzpracování CT snímků a automatický post-processing vysegmentovaných čátí srdce. Grafické rozhraní bylo vytvořené pomocí QT designeru. V testovací části jsou prezentovány výsledky segmentací. Při stejných vstupech dosahuje segmentace pomocí vytvořeného modulu lepších výsledků, než nabízená možnost ve 3D sliceru.Thesis summarize available softwares for visualization and segmentation of medical data. Main focus is on open source software 3D Slicer, where all main modules and functions for processing and segmentation of 3D images are described. The reader is also acquaint with posibility to create new modules and function in Python. In practical part of thesis new modul is created. Modul is focused on fast and effective segmentation of heart and their parts by using watershed method. Part of the module are tools for preprocessing of CT images and automatic post-processing. GUI was implemented and created with QT designer. Thesis containts testing and presenting segmented data. Segmentation by presented modul generaly achieves better results then options offered by 3D Slicer. In the last part of thesis is presented proposal for usage of supporting funtions for fast and efective segmentation of heart and his parts.